加州大学推出一种适用于所有陆生植物的RNA提取新方法

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近日，加州大学伯克利分校的科学家新研发出一种RNA提取实验方案，这种方法适用于所有陆生植物(包括30万物种)。这一实验方案将大大推动非模式植物物种以RNA为基础的研究。相关文章发表于2013年12月9日的《Applications in Plant science s》杂志上。

<center> <img alt="加州大学推出一种适用于所有陆生植物的RNA提取新方法" src="http://img.dxycdn.com/trademd/upload/asset/meeting/2013/12/19/A1387434503.jpg" /><br /> 加州大学推出一种适用于所有陆生植物的RNA提取 新方法</center>

RNA在遗传学 研究的意义及其研究缺点

在遗传学研究中，科研人员广泛地利用RNA来研究不同生物体的基因表达 模式。通过了解生物体中RNA的种类和数量，可以知道哪些基因获得了表达，从而得到一些负责特定表型的基因的新见解。

许多的工具，例如新一代测序和定量PCR，都可用于研究基因表达。但这些工具依赖于从目的生物体中抽提到高质量的RNA，这可能是一项挑战性的任务。相比于基因组DNA ，RNA更微弱，容易发生降解。此外，许多的植物组织中充满了阻碍分离足够数量和/或质量RNA的淀粉、纤维或抑制分次生化合物。

尽管已有大量的RNA抽提方案开发出来，但其中大部分都是植物特异性的，许多是针对特定的作物或是模式生物 (如拟南芥)，对于构成绝大多数植物多样性的非模式植物种类，这些方法的应用有点受限。

新方案研发及相关步骤

论文的主要作者Roxana Yockteng、Specht和同事们在多种陆生植物种类(包括1种苔藓植物、3种裸子植物和很多的被子植物 )以及不同的组织类型(例如叶子、花和球果等)中测试了这一方案。他们能够从测试样品中始终如一地获得大量高质量的RNA。

Specht说，这一实验方案极其灵活可变;可以轻易地修改实验方案中的许多步骤，从而适应植物化学和结构的改变。

“无论你在哪个实验室或是正在研究哪种植物，你都可以微操控你的RNA提取方案，为自己做出一些小的改变。”

这一实验方案的最后还包括一个选择性的净化步骤，使得可以从有问题的样本(例如富含木质素或是次生代谢产物)中获得高质量的RNA，且不会造成RNA量的显著损失。这一步骤是对一种净化DNA的类似方法进行修改而成。

新方案的意义

Specht说，新实验方案可广泛应用于植物遗传研究中。与RT-PCR、定量PCR或RNA测序(转录组分析)有关的基因表达研究均可以采用这一实验方案来提取必要的高质量RNA。此外，研究人员可以利用新一代测序生成的转录组，开发出用于系统发生和植物地理学研究的靶序列捕获标签。

Specht说，能够将这一实验方案应用于大量的植物和组织种类，还将有助于对各种谱系的转录组进行比较分析，使得研究人员能够对各种有趣的进化问题开展调查。此前这是一个挑战，因为现有的实验方案在跨越多种系统发生分歧物种中应用时，通常太具分类群特异性或组织特异性。

研究的资深作者、加州大学伯克利分校植物和微生物学系副教授Chelsea Specht说：“采用这一实验方案，我们可以从跨越陆生植物多样性的植物所有类型的组织中，成功地提取出高产量和高质量的rna，其中包括难以采用机械方法进行碾磨，富含淀粉或是充满次生化合物的组织。”

原文链接：A Method for Extracting High-Quality RNA from Diverse Plants for Next-Generation Sequencing and Gene Expression Analyses