UVP的凝胶电泳分析软件使用方法

 

在各个论坛上看以过许多凝胶电泳 分析的软件，但没有UVP使用的Labwork的介绍。

如果你购买了UVP的凝胶电泳 拍摄及分析系统，上面就会带一个labwork分析软件。打开这个软件你就可以发现其界面非常熟悉，原来这就是Media Cybernetics公司利用Imageproplus程序的内核专门应用于分析凝胶电泳 图片的软件。上面还有许多Imageproplus的功能呢。

分析电泳 图片还是很简单的，两分钟就能学会，只要在那个1D-Gel工具条从上往下一个一个点开来设置一下就OK。

打开一个图片后，先要把图片上的电泳 条带摆得横平竖直，加样孔处于图片上方。这一步只要点第一个菜单rotate，然后用鼠标转图片就是。

第二步是指定泳道。点Lanes.利用弹出的菜单可以删掉或添加泳道，用鼠标可以拖动泳道位置，还可以在泳道上下边拖来延长或缩短泳道长度。

泳道宽度设置时，先勾上Uniform lanes width，然后在最上面的lanes width上把数值加大或减小一些。让选择泳道宽度框全部覆盖住条带。

设置完了泳道，再设置条带。

占bands菜单，在dark bands bright background与bright band dard background之间选一个（DNA 凝胶是白带黑背景，蛋白质凝胶是黑带白背景），min band height设一个稍大的值（别太小，否则自动找到一大堆条带还得一个个删）。

点一下find band。就自动找到一些明显的条带了，用add 和delete band按纽加上未找到的条带，删掉误识别的条带。这个操作也很简单，点add band按纽，出来一个新对话框，不理它，可以在电泳 照片上认为该有条带的地方点一下，就强迫加上了一个条带。还可以在lane frofile窗口的曲线上准确找到峰顶位置点一下加上条带。加完后点OK回到band窗口。

注意每个条带也有一个计算范围，可在曲线上拖它的上下边界。这个边界的选择要仔细。一方面尽量让各条带的范围一致，另一方面则是选择条带光密度峰的山脚处作为边界。这两者很难同时满足。经常得牺牲一方面。

 

设置完泳道与条带，下一条是设置背景。前面还有个加样孔位置要设置，因为我们已经把加样孔放到上方了，就不必设置它了。

背景的较正方法有许多选择，但只有一个实用。就是joining valleys.上一帖图中峰下面有一根斜线，那就是背景扣除的界限。下面的面积被扣除。只计算背景线上方的区域作为条带定量的依据。

最麻烦的是设置marker参数。

点marker菜单，弹出设置窗口，上面是指定marker泳道位置的按纽。系统默认第一泳道为marker。但我们经常把marker放到另的泳道上去。这块胶上有两个marker，分别在第一与第十三泳道上，设定方法是：

点reset清除掉窗口，再点select/unsel...按纽。在第一与第十二泳道上分别点一下，窗口中会出现lane 1和lane 13字样，说明这两个泳道被指定为marker。

 

 

下一步要指定Marker中各条带的分子量。
1.点new按纽，出来一个新的窗口，最上面要起个名字（test）。
2.在下面的数字窗口中输入第一个分子量数字（2000）。点一下旁边的勾。
3.再点add按纽。
4.可见第一个分子量数据已经显示到窗口里了。
5.重复2、3输入全部的分子量数值。
6.点OK回到上一个窗口，可以看见marker的分子量已经输入。

点一下auto loc按纽，这里要注意，如果是六个marker条带，则marker泳道里一定得有正好不多不少六个选定的条带。否则就乱套了。

有时候电泳 跑得歪，两个marker的对应条带并不在同一水平面上，这时要作校正。把上面那个automatic slant correction选项给勾上。

 

 

对于泳道条带跑得歪，又作了两个marker时，可以用slant进一步校正。点slant按纽调出窗口。

1.点add slant line按纽，出来一个新对话框。
2.在两个marker的相同分子量条带上各点一下，回来点next M.W.按纽，再去找下一对等分子量marker条带，或者点OK结束。
3.回到上一个窗口还是点OK。

 

 

点result。结果窗口就出来了。

在show菜单要选show both，这样每个泳道有两列数据，分别显示分子量与测定值。

测定值则要显示IOD（积分光密度）。这个最不会出错。选其他的都有可能出一些计算错误的。各条带量的比较，就是比较它们之间的IOD数值。

图象分析方法属于半定量分析。误差很大的。虽然软件也带有强度校正的功能，但实际上用起来麻烦还不准确。一般不用它。还是各条带之间互相比较IOD更实用一些。

IOD数值都比较大，所以会显示成3.5e6的格式，这是3.5乘10的6次方的意思。

这张图片没有Marker，当然就只剩下IOD数值了。

分析结果也可以送到Excel里去。在文件--DDE to Excel命令上点一下就把数据送过去了。

要注意数据最下面的两行，倒数第二行的SUM指的是本泳道所有选中条带的IOD总和。而in line的总和是这个泳道中所有条带，不论你是否选中它作为计算条带，它们的累加值。因此往往这两行的数值会不一样。