什么是上下游引物

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上游引物 也称作正义链(sense primer)，下游引物也称作反义链(antisense primer )，DNA 分子是双链，5‘——3’的链称作正链，上游引物合成的链和正链序列相同，3‘——5’方向的链称作副链，上游引物合成的链和负链互补。

引物(Primer)在聚合作用的起始时，可以刺激合成另一种大分子，并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中，引物是一段短的单链RNA或DNA 片段，可结合在核酸链上与之互补的区域，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。

自然中存在有生物的DNA复制引物(rna 引物)和聚合酶链式反应(PCR)中人工合成的引物(通常为DNA引物)。一般所说引物，指DNA引物，以下简称引物。

上游引物：DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5'位有个磷酸，3'位是-OH 就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5’端到3’端，因为DNA聚合酶只能往3’端加核苷酸。所以谁先复制谁上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列/碱基相对于另一个序列/碱基而言。上游引物是靠近5'端的，下游引物是靠近3‘端的。

DNA是双链，两个链是反向平行的，DNA聚合酶顺着其中一个链走，这个链就是负链，另一个链是反着一段一段复制的，这个是正链。

正义链(sense strand)是上游引物，反义链(antisense strand)是下游引物，链的合成方向是从5‘——3’。上游引物又叫正向引物,下游引物叫反向引物，在设计引物的时候一般是以其中的一条链来设的,所以上游引物是与这条链相同的，而反向引物则要反向互补后才行。

上下游引物可含有不同的碱基数，他们的退火温度要接近，最好不要超过5度，上游引物和下游引物长度相差太远，将不利于扩增反应。可利用Primer Premier5.0进行引物设计的评估。除非特殊情况，建议将上下游引物的长度相近。