降落PCR退火温度的设计

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PCR退火温度应如何设置？

降落PCR 是在同一个PCR管内进行PCR，只是每个循环的温度不同(如每个循环降1度)。一般兼并引物用这种方法多些。

设计多循环反应的程序，以使相连循环的退火温度 越来越低。由于开始时的退火温度选择为高于估计的Tm值，随着循环的进行，退火温度逐渐降到Tm值，并最终低于这个水平，用于确保第一个引物—模板杂交事件发生在最互补的反应物之间，即那些产生目的扩增产物的反应物之间。尽管退火温度最终会降到非特异杂交的Tm值，但此时目的扩增产物已开始几何扩增，在剩下的循环中处于超过任何滞后(非特异)PCR产物的地位。

由于目标是在较早的循环中避免低Tm值配对，在TD—PCR中最好应用热启动技术。设计时，退火温度 的范围应跨越15℃左右，从高于估计Tm值至少几度到低于它10℃。

例：一对没有简并的引物—模板的计算Tm值为62℃。

则：从65℃—>50℃(每2cycles降退火温度 1℃)，再在50℃退火温度下做15个循环。

实验中如持续出现假象带(杂带)，则是因为起始退火温度 太低，或目的扩增产物和非目的产物的Tm值相差无几，或非目的扩增物以更高的扩增效率扩增，可把退火温度每降低1℃所需的循环数增加到3或4。