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蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 4.3中文使用说明

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蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 4.3中文使用说明 来源:易生物实验 浏览次数:0 网友评论 0

蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 4.3是位于法国的蛋白质生物与化学研究院(Institute of Biology and  Chemistry of  Proteins)用十多年时间开发出的蛋白质研究软件包。软件包包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容

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蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 4.3是位于法国的蛋白质生物与化学研究院(Institute of Biology and Chemistry of Proteins)用十多年时间开发出的蛋白质研究软件包。软件包包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容,功能非常强大。应用此软件包,使用个人电脑, 便能进行各种蛋白序列分析与特性预测。感谢软件的编写者,他们将此软件包免费提供给此领域的同行使用,这对于我国的科学技术人员来说,实在是一件好事。因 为一个功能再多再好的专业应用软件,如果作为商业软件进行销售的话,往往使大多数需要使用此软件的科技人员因为科研经费的问题,无缘使用,这点在我国尤为 突出。

软件分为三个版本,分别用于Unix系统,DOS系统与WINDOWS95或98系统,让我以用于WINDOWS系统的版本为例,介绍一下这个软件的基本用法。

软件包为一个自解压执行文件,文件名Anthe4_3c.exe,大小为1.9兆。执行此文件,输入解压后存放的目录名,便可将所有文件解压在此目录下。主程序名为Anthewin,在桌面上建立它的快捷图标,双击快捷图标便打开了ANTHEPROT 4.3主窗口。

通过主程序,我们可以载入蛋白序列,对序列进行编辑、打印、拷贝、改变设定等操作,更重要的是,我们可以在此调用各种所需的分析工具,对蛋白序列进行分析。

一. 序列编辑功能

    ANTHEPROT 4.3的主窗口便是其序列编辑窗口:

    可以使用

按键或菜单中的File/Open命令打开各种序列文件,程序识别的文件类型包括:

单序列文件格式:.SEQ,(ANTHEPROT 3.3支持以下格式的单序列文件:DNA/Strider 格式、EMBL格式、NBRF格式、Pearson/Fasta格式、PIR 格式与IG/Stanford格式);

    含有多个蛋白序列的蛋白数据库文件:.BAS,(以Pearson/Fasta格式添加序列,上限为30条序列或32K文件大小);

    ClustalV 或ClustalW 文件:.ALN_含有ClustalW格式的多队列;

含有多队列的Multalin 4.1格式文件:.MUL;

在Prosite 蛋白数据库中查寻出Site结果的文件:.SIT,

蛋白质原子空间结构的PDB格式文件:.PDB;

使用IBCP()服务器预测蛋白二级结构所获得的结果文件格式:.CNS;

序列可以从ANTHEPROT编辑窗口以键盘输入,或者以.SEQ等文件格式载入,也可以从其它文件复制粘贴到编辑窗口。最简单的序列格式为 Pearson/Fasta格式,为文本格式文件,带有>开始的为序列蛋白的名称,其后便是蛋白序列。下面为一个此格式的例子:

>MBN

VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDL

KKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGD

FGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG

程序支持的一些编辑功能如下:

取消,恢复(Undo):Ctrl+Z。

查找Ctrl+T。

支持复制与粘贴。

可以自定义字符颜色,背景色与打印字体。

可打印序列文件。

输入或载入序列后,便同时打开了一个图像窗口,以彩图的形式显示出蛋白序列。不同的蛋白残基以不同的颜色表示。下面便是打开一个序列后的主程序窗口的例子:

 

二.工具栏与基本功能

当序列格式识别后,Methods菜单便被激活,相应的快捷按键也出现在工具栏中。

 


这些按键依次为:

打开文件按键;存储文件按键;打印按键 ;更改字体与格式按键;更改设定颜色按键;进行蛋白序列二级结构预测;

在蛋白序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列;绘制出蛋白序列的所有理化特性曲线;在Internet或本地蛋白序列数据库中查找类似序列;

计算蛋白序列分子量,比重与各蛋白残基百分组成;计算蛋白序列滴定曲线与等电点;选定一个片段后,绘制Helical Wheel图 ;

进行点阵图(Dot Plot)分析 ;计算信号肽潜在的断裂位点;打开一个简单的帮助文件;退出程序

(责任编辑:大汉昆仑王)
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