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使用Hoecsht 33258荧光染料定量DNA

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1. 应用说明

在分子生物学的许多试验中,DNA定量都是一个很重要的步骤。用到DNA的常用技术有序列分析、cDNA合成和克隆、RNA转录、转染、核酸标记(比如随机引物标记)等等,这些试验的好坏取决于所使用模板浓度,对所用DNA模板浓度错误估计往往是导致这些实验失败的最直接原因。

核酸的浓度通常用紫外,在260nm波长处,测吸光值获得,检测中的灵敏性会受到很高的背景干扰。Hoechst 33258,一种二苯甲亚胺DNA结合物,在检测时会有比紫外激发更强的荧光产生,检测更灵敏。它在紫外区(350nm)附近被激发,发射波在蓝光区(450nm),检测dsDNA的灵敏度是10ng/ml(见图 1)。

 

图 1 用Hoechst染料和紫外激发光对dsDNA定量分析,加2倍Hoechst染料工作液之前,用1倍的TNE对1 μg/ml的DNA做倍比稀释,平衡5min后,将100μl样品转移到微量检测检测皿中读数。

2. 所需材料

ModulusTM 单管型多功能检测仪 (货号:9200-000或9200-002)

●紫外荧光模块(货号:9200-041)

●微量比色杯(货号:7000-950)和微量适配器(货号:9200-928)或比色杯(货号:7000-959)

●Hoechst 33258 10 mg/ml (分子探针 H3569)

●10XTNE储存缓冲液

●0.45μm的过滤水

3. 考虑因素

3.1 DNA样品中的AT含量会影响到Hoechst 33258-DNA荧光,因此,检测样品时设一对照是非常重要的,小牛胸腺DNA由于是双链、高度聚合并含有大约58%的AT(42% GC)而经常被用作动植物DNA的对照。对于细菌DNA来说,它会有不同的对照,因为不同菌种的AT含量变化较大。

3.2 不同构造的质粒DNA(超螺旋型、螺旋型、环形和、线型)会有不同的Hoechst 33258结合效果。因此,选择一种与样品特征相似的标准品对照也是很重要的。

3.3 在单链基因组DNA上的Hoechst 33258荧光只有在双链基因组DNA上的一半,单链DAN片段的荧光量并不会与单链DAN的浓度成比例地引发荧光。

3.4 用于全细胞DNA抽提的缓冲液对后期的检测没有什么影响。

3.5 少量的去污剂(<0.01% SDS)对检测也没有什么影响。

3.6 含盐浓度为3M NaCl的DNA抽提样对检测没有影响。为获得较强的荧光,纯化的DNA样品中至少要含有200mM的NaCl,未纯化样品中需含2.0-3.0M的NaCl。对于未纯化样品来讲,较高的盐浓度会将结合在DNA上的蛋白裂解下来,便于染料分子的结合。

3.7 RNA对检测没有影响,因为Hoechst 33258通常并不与RNA结合。来之于RNA的荧光信号通常会低于相同DNA浓度的1%。

4.试剂制备

4.1 Hoechst 33258储存液

1 mg/ml Hoechst 33258:1ml的Hoechst 33258(10 mg/ml)加9ml的用0.45μm滤膜过滤的蒸馏水稀释而成。

注:Hoechst 33258可能会致癌和导致基因突变,操作时须带手套、面罩,并且在通风橱内操作。

4.2 10XTNE储存缓冲液

溶解于800ml蒸馏水中:12.11g Tris碱[Tris(羟甲基)氨基甲烷],分子量=121.14;3.72g EDTA乙二胺四乙酸,二钠盐,二水合物,分子量=372.20;116.89g 氯化钠,分子量=58.44。用浓盐酸调节溶液PH至7.4,补加蒸馏水定容至1000ml,使用前用0.45μm滤膜过滤,4℃可保存3个月。

注:PH和氯化钠浓度对于Hoechst试剂和DNA的结合至关重要。

1倍的TNE:用90ml蒸馏水(0.45μm滤膜过滤)稀释10ml 10倍的TNE。

4.3 准配2倍的染料液用于10-1000 ng/ml的DNA:用100ml的1倍的TNE稀释20ul Hoechst 33258 储存液 (1 mg/ml),室温放置,现用现配,一旦染料加入千万别再过滤!

4.4 小牛胸腺DNA标准液:准备溶解在1倍TE浓度为1 mg/ml的小牛胸腺DNA储存液,轻击小管充分混匀,4℃可保存3个月。

5. 样品检测

5.1荧光模块的安装

5.1.1关掉多功能机电源开关,根据操作手册插入紫外荧光模块

5.1.2打开电源开关,校准前先预热1min。

5.1.3用于10X10mm比色杯的实验方案

5.1.3.1准备1ml 2000 ng/ml dsDNA标准液校准比色杯。

5.1.3.2以1:1的比例加2倍的染料工作液到2000ng/ml dsDNA标准液中,终浓度为1000ng/ml。

5.1.3.3在另外的小管中加入空白对照液:2倍的染料工作液以1:1的比例加入1X TNE缓冲液,最少2ml。

5.1.3.4校准多功能机用1000 ng/ml。

注:用一个和检测样品浓度相同或相近的标准样优化系统,使检测更精确。例如,若检测样品浓度在300 ng/ml,要用一个500 ng/ml标准DNA样。标准样浓度应该是与检测样浓度相同或超出100 ng/ml。

5.1.3.5保存这次校准以供将来使用(可选)

5.1.3.6向1ml样品的小管中加1ml 2倍的染料液,需要的话,可以用1倍TNE稀释样品。

注:小管中溶液体积最少需2ml。

5.1.3.7放入多功能机读数前平衡样品和染料混合液5min。

5.1.3.8样品和染料浓度会在多功能机显示屏上显示。

注:由于染料的加入,最终浓度要小于起始浓度的1/2。另外也要考虑到起始样品的稀释。

5.1.4使用微量比色杯的实验方案

5.1.4.1标准液制备。将1mg/ml 的DNA储存液用1倍TNE稀释到2μg/ml,加相等体积的2倍的染料工作液,而后重复步骤4.4,充分混合。

注:用一个和检测样品浓度相同或相近的标准样优化系统,使检测更精确。例如,若检测样品浓度在300 ng/ml,要用一个500 ng/ml标准DNA样。标准样浓度应该是与检测样浓度相同或超出100 ng/ml。

5.1.4.2空白对照液制备。在另一只小离心管中加入相同体积的样品缓冲液(通常是1倍TNE)和2倍的染料工作液。

5.1.4.3混合小离心管中加有2倍染料工作液的样品。

注:在微量比色杯中不要混合检测样、标准样或有染料液的空白对照液。

5.1.4.4取100μl检测样、标准样和空白对照液分别加到微量比色杯中,室温避光静置2-5min。

注:不要在微量比色杯中引入气泡,它会导致读数错误。

5.1.4.5校准多功能机用1000 ng/ml。

5.1.4.6保存这次校准以供将来使用(可选)

5.1.4.7微量比色杯中样品所测浓度会在多功能机显示屏上显示。

注:由于染料的加入,最终浓度要小于起始浓度的1/2。另外也要考虑到起始样品的稀释。

6. 关于ModulusTM单管型多功能检测仪

ModulusTM 单管型多功能检测仪 是Turner Biosystems公司生产的一款单管型多功能检测仪,它具有生物与化学发光检测、荧光检测和光吸收检测三个功能。ModulusTM单管型多功能检测仪采用模块化设计, 可根据实验的需求, 选用相应的检测模块, 来完成生物与化学发光、荧光或光吸收检测.

(责任编辑:大汉昆仑王)
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