定量分析拟南芥根系生长

生长的植物根系很容易测量，尤其在拟南芥中，因为增加的器官大小基本上限于一定范围。精确测量根尖生长，可用于在突变体生长过程中、转基因背景、或是实验处理响应方面，来确定生长活性（在某一特定时间的增长速度）。根系生长衡量方法有多种方式，最简单的就是将种子种在培养皿中，实时记录根尖生长，用直尺测量根系长度，然后将数据后输入Microsoft Excel分析，但这种方法在处理大量的幼苗时是繁琐，不正确的。另一种做法，就是本文所描述的，利用该植物生长的”快照”，就是用 凝胶成像 设备（例如，用一台摄像机从EB（ethidium-bromide）染色电泳凝胶捕获图像）。图像分析软体很随意，只要能让用户简单剪切和粘贴NIH-Image数据到Microsoft Excel就可。

材料
含0.8％琼脂（w/v）或植物凝胶的MS培养基（0.5x），种子（表面消毒）、培养皿（方形最好，没有也无所谓）、封口膜、直尺、统计分析软件（如微软的Excel）
设备 电脑（废话）、 凝胶成像 系统（这个操作具体视设备而定，询厂家）
恒温箱 设至22°C-23°C时，记号笔（又是菲菲）
NIH-Image
是公共软件，可下载（还有一个指导手册）http://rsb.info.nih.gov/nih-image

方法

1、将表面消毒的种子摆在含0.8％琼脂（w/v）或植物凝胶的MS培养基（0.5x）。

2、加上1-2毫升的水，盖盖子，封口膜封口。光照培养48小时，4ºC。

3、 恒温箱 再培养，检查平板，以确保它们不干（有的凝结应该可以看见）。生长最好在22°C-23°C，一天。

4。此时根系已长到约1.5cm，转移最好的幼苗到新平板。选择健康的种苗与等根长度的5-7毫米相间种植。

5。监察生长，在12小时或24小时的间隔时间标记根尖位置。用直尺测量并记录数据。

6。置培养皿于摄像机下捕获图像，然后逐渐放大直到整个屏幕都是植物生长。记下放大率，拍照并保存为TIFF格式。（如果图象不能被保存在一个TIFF格式，打开该文件在AdobePhotoshop转换到TIFF格式）。注意：在整个实验中放大率必须保持恒定。

7、保存到NIH-Image，调整对比度以分清根系。进行一个周期的” sharpen”以提高根系的能见度的。

8、测量根尖生长。如果每时间点照一张相，打开所有图片并使用”pencil”工具，标志根尖在每次实验时间点上的位置，从而获得一张梯度图。

9、从工具板，可以设置光标为” straight line”，衡量尺度（例如，10毫米），下拉分析菜单至”set scale.”

10、返回到工具板，选择”freehand line”，并标记两个时间点的根系位置。测量键入 typing #1, 显示数据键入typing #2。

11、输出数据进行统计分析。退出NIH-Image前保存数据文件，并在Microsoft Excel重新打开定量分析根长度和增长率。
比较根系生长率时，要记得拟南芥在出芽后的前10d根系生长发育快速( Beemster and Baskin 1998 )。