原位杂交实验步骤

一质粒制备
1质粒的转化和扩增
1.1制备XL1-Blue感受态细菌
1．取400uLXL1-Blue菌种加入到含200mlLB培养基的锥形瓶中，37℃、100rpm培养4h，离心，倒置，以冰冷的0.1mol／LCaCl_2重悬细菌，冰浴30min，离心，弃上清，倒置，再加4ml(含15％甘油)冰冷的CaCl2重悬细菌，分装(200μ／tube)，-80℃保存。
2．转化：在冰浴中将1管XL1-Blue感受态菌解冻，将浓度为2ng／μ1的质粒DNA4μ1加入到8Oμ1感受态菌中。
3．轻轻摇匀，冰浴30min。
4．42℃热激9O秒，然后迅速冰浴2min。
5．加入LB培养液(无氨苄青霉素)0.8ml，在37℃，100转／min水浴孵育60min。
6．取200μl菌液铺于琼脂板上(涂有X-Gal(20mg／ml)-IPTG(200mg／ml)的LB-氨苄青霉素50mg／ml,1μl／ml培养基)，待菌液全部被吸收后，倒置平板于37℃培养12-16h。
1.2鉴定和挑选含重组质粒的菌落
1．用无菌牙签挑取单菌落，接种到10ml含氨苄青霉素的LB培养液的离心管中，于37℃，200转／分培养2h，取1ml之一Eppendorf离心管，加50μl10mmol／LEDTA(pH8.0)。
2．加入50μl新配置的0.2mol／LNaOH、0.5％SDS、20％蔗糖溶液后，振荡30秒。
3．在70℃温育5min，然后冷却到室温。
4．加1.5μ14mol／LKCl和0.5μ1含0.4％溴酚兰染液，振荡3O秒后，冰浴5min。
5．12000g，4℃离以3min，以除去细菌碎片。
6．制备1％的琼脂糖凝胶(含EB0.5μg／ml)，取50μl上清液加入到样品孔中，其中一孔加入中等分子量DNAMarker。恒压50V，进行电泳。
7．当溴酚兰迁移到凝胶全长的2／3-3／4时，停止电泳，在紫外灯下检查质粒DNA分于量的大小是否与转入质粒相符。
1.3质粒的扩增和纯化
1．用无菌牙签分别挑取单个白色菌落移入含30mlLB-氨苄青霉素(50μg／ml)培养液的聚丙烯管中，于37℃，200转／分培养3h。
2．将菌液转入含70mlLB-氨苄青霉素培养液的250ml锥形瓶中，37℃，200转／分培养过夜(12-16h)，细菌浑浊。
3.菌液中加入氯霉素液(34mg溶于lml乙醇，100ml菌液加入0.5ml氯霉素溶液，终浓度为170μ／ml)。37℃，200转／分培养12-16h。
4.将培养的细菌倒入50ml的离心管中，6000rpm，4℃离,th,15min，沉淀细菌。
5.弃净上清夜，用2ml预冷的溶液I，悬浮菌体沉淀，剧烈振荡，于室温静置5min
6.加入新配制的溶液II4ml，快速用手晃动10秒，颠倒数次后，于室温静置10min。
7.加入预冷的溶液III3ml，温和振荡l0秒，于冰上静置10min，出现白色絮状沉淀。
8．6000rpm，4℃离心15min，保留上清。
9．将上清(若带细菌残片，则再次离心)移入另一50ml的离心管中，加入0.6倍体积的异丙醇混匀，于室温静置10min。(或-20℃4h，或4℃过夜，可便核酸沉淀)
10.12000rpm，4℃离心15min，回收核酸。小心弃去上清，倒置离心管使残兼上清液流尽。
11．于室温用70％的乙醇洗涤沉淀物和管壁，室温12000rpm离心，15min，充分弃去乙醇，于室温将离心管倒置在纸巾上，使最后残余的痕量乙醇挥发殆尽。
12．用500μlTE(pH8.0)溶解核酸沉淀，转移至1.5mlEppendorf管中。
13．加入用冰预冷的5mol／L的LiCl溶液600μl，充分混匀。12000rpm，4℃离心15min，以沉淀高分子量的RNA。
14.将上清转移到另一1.5mlEppendorf管中，加等量异丙醇，充分混匀，于室温静置10min。
15.12000rpm,4℃离心15min，回收核酸。小心弃去上清，倒置离心管使残余上清液流尽。
16．于室温用70％的乙醇洗涤沉淀物和管壁，室温12000rpm离心，15min，充分弃去乙醇，于室温将离心管倒置在纸巾上，使最后残余的痕量乙醇挥发殆尽。
17.400μl含无DNA酶的RNA酶(20μg/ml)的TE缓冲液(pH8.0)溶解沉淀，将溶液转移到另－1.5mlEppendorf管中，室温放置1.5mlEppendorf管中30min。
18．加入400μl13％(v／v)的PEG8000-NaCl(1.6mol／L)，混匀，4℃12000rpm离心5min以回收质粒DNA，弃去上清。
19．加入400μlTE缓冲液(pH8.O)溶解沉淀，再分别用等体积的Tris饱和酚、酚：氯仿：异戊醇(25：24：1)、和氯仿各抽提一次。
20．将水相(上清)移入另一1.5mlEppendorf管中，加入O.1体积(约50μ13M的醋酸钠(pH5.2)和2倍体积(大约1ml)的无水乙醇，充分混匀后于4℃放置30min。
21．于4℃12000rpm离心5min回收沉淀的质粒DNA。尽可能弃去上清，敞开管口，置工作台上使残留的痕量乙醇蒸发殆尽。
22．加入400μl处于4℃的70％乙醇，稍加振荡，漂洗沉淀，4℃12000rpm离心2min。
23．吸去上清，室温敞开管口，直到乙醇完全挥发。
24．用100μlTE缓冲液(pH8.0)溶解沉淀。
25．取4μl溶液1：100稀释后，测定其OD260、OD280，以确定质粒DNA的纯度和浓度(OD260／OD280>1.8。OD260／OD280对DNA而言其值大约为
1.8，高于2.0则可能有RNA污染，低于1.8则有蛋白质污染。；DNA浓度=OD260X0.05X稀释倍数(μg／μl)。
26．质粒DNA溶液于-20℃保存待用。
二、cRNA探针的标记
1．将质粒DNA，用相应的限制性内切酶线性化，通过琼脂糖凝胶电泳以确保完全线性化。
2．线性化后的DNA按“质粒的纯化”步骤19-24进行纯化，作为cRNA探针标记的模板，用相应的RNA聚合酶合成地高辛标记的反义和正义RNA探针。
3．进行体外转录，步骤如下：
4．在冰上将各 试剂 加入一1.5ml无RNA酶的Eppendorf管中。