鲮鱼的RAPD 遗传分析
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（珠江水产研究所，农业部热带亚热带鱼类选育与养殖重点开放实验室，广州510380）
摘 要 通过血液提取鲮鱼（Cirrhina molitorella）基因组 DNA，对珠江流域不同居群的58 个鲮鱼进行了RAPD 遗传分析。利用23 个10mer-寡聚核苷酸引物扩增样品，共检测了98 个位点，多态位点为35 个，多态位点百分率为35．7％。单一引物检测的位点数为1-9。野生居群的多态性较池养居群多，野生居群中以北江多态性最少，遗传变异水平与地理位置有一定的相关性，点突变与遗传漂变造成了居群内与居群间的分化。采用相似系数来度量居群间及其内部个体的相互亲缘远近，发现野生的北江居群内相似率最大，但都比池养居群小；居群内和居群间遗传距离以北江，北江－珠江所最小，分别为0．063，0．161；同时利用分化指数来度量遗传多样性水平，以东江和西江遗传差异较大，而北江和池养较小。
关键词 鲮鱼 RAPD 遗传多样性 分化指数
1 材料和方法
1．1 基因组DNA 提取
以野生和养殖鲮鱼（Cirrhina molitorella）为材料，在珠江流域随机取样，通过血液提取基因组DNA（Sambrook 等，1989）。DNA 浓度稀释为 10ng／ul，4℃保存备用。
1．2 引物和
试剂
OPN、OPM 两组引物购自Operon 公司，Taq DNA 聚合酶，λDNA／EcoRⅠ、λDNA／EcoRI＋HindⅢ、PCRMarker 等分别购自上海Sangon 公司和华美
生物
工程公司。
1．3 反应条件设置
参照Williams 提供的RAPD 反应条件稍作改动。
浓度设置：在25ul 反应体系中，含1 倍的扩增缓冲液，3．0mMMgCl
2
，0．2mM dNTPs，0.2um 随机引物，1．5uTaqDNA 聚合酶，20ng 模板DNA。
PCR 参数设置：94℃预变性5min，94℃变性5s，36℃退火30s，72℃延伸50s，共37 循环，于 72℃下延伸 5min，置于 4℃保存。反应在 PE2400 型 DNA 扩增仪上进行，取 12ul扩增产物在1．4％琼脂糖凝胶上电泳和EB（0．5ug／ml）染色后置于紫外透射检测仪上观察照相记录。
1．4 数据处理
（1）相似系数度量鲮鱼的遗传差异水平
任意两个个体间（居群）的遗传距离（D）根据两个个体（居群）共享RAPD 标记来计算：
D＝1－S
xy
，S
xy
＝2N
xy
/N
x
＋N
y
）
D 是遗传距离，Sxy 为第x 和y 个体（居群）的相似系数，N
x
和N
y
分别为第x 和y 个体分别拥有的RAPD 标记数，N
xy
是x、y 两个个体（居群）共享RAPD 标记数，RAPD 标记数以带的有无分别计为1 和0，当D＝0，S
xy
＝1，物种x 和物种y 的扩增片断完全相同，二者有高度同一的DNA 序列，当D＝1，Sxy＝0，时，二者的扩增片断完全不同，具有高度相异的遗传性。
（2）分化指数度量鲮鱼的遗传多样性水平多态位点百分率可以反映鲮鱼的遗传多样性水平，而分化指数（Diversity Coefficient，D．C）可进一步量化物种居群、亚居群间的多样性水平（Gilmartin，1974）
其中m 为物种或居群、亚居群的个体数，n 为多态位点数，x 代表不同个体。根据总DC 值和各居群的DC 值可计算后群间遗传差异在总遗传差异中所占比例（PDC）。其中mx 和my 分别为居群x 和居群y 的个体数，DCx 和DCy 分别为居群x 和居群y 的内部
分化指数，DCxy 为居群x 和居群y 作为一个整体的分化指数，PDCxy 则为居群x 和居群y 之间的遗传差异在总遗传差异中所占的百分比。同上依据各分子标记的迁移率及其有无统计得到所有位点的二无数据，有无分赋值1 或0，形成数值矩阵。用C 语言编程电脑运算。（由于插入、重复等作用，相同迁移率下存在复合带，“单态带”上序列中非同源带也存在，在此忽略）
