AB SOLiD测序仪

AB SOLiD测序仪可以对由任何方法制成的DNA文库进行测序。AB SOLiD测序仪有一个极大的特点就 是能够将富集模板片段的微珠在芯片上进行高度可控的任意排列。AB SOLiD测序仪也是使用如图5a中所示 的微乳液PCR方法扩增模板片段的，不过，它这里使用的是直径只有1μm的小磁珠。PCR扩增反应结束之 后，微乳液滴被打破，小磁珠被富集起来固定到固态平板上，制成高密度测序芯片。后面的合成测序法由 DNA连接酶而非DNA 聚合酶 完成。
首先，通用引物与模板片段两端的接头序列互补结合，然后连接酶将一个被荧光标记的8bp长的核酸探 针片段（fluorescently labeled octamers）连接到引物末端（图6c）。这段8bp长的核酸探针片段是经过设计 的，比如其中第五位碱基上就标记了荧光。连接反应完成之后，就可以采集荧光图像，然后在第五位碱基和 第六位碱基之间切断，去掉荧光标签。如此反复，就可以获得每间隔四个碱基的第五号碱基的确切信息，比 如第5号碱基、第10号碱基、第15号碱基以及第20号碱基等等。经过几轮这样的循环之后，已经获得延伸的 引物会变性脱落，再重新结合上新的引物从头开始新一轮测序，不过这一次可能获得的是第4号碱基、第9号 碱基、第14号碱基以及第19号碱基的信息。我们可以使用不同长度的引物（+1或者-1）或者使用在不同位点 （比如第2号碱基）标记荧光的8bp核酸探针片段达到这个目的。如此反复，最终就能获得整条模板片段的完 整序列信息。
AB SOLiD测序仪还有一个特点就是使用了双碱基编码技术（two-base encoding），该技术具有误差校 正功能，因为它是通过两个碱基来对应一个荧光信号而不是传统的一个碱基对应一个荧光信号，这样每一个 位点都会被检测两次，因此出错率明显降低。
Polonator测序仪是一个和AB SOLiD测序仪比较相似的产品，因为它也运用了J.S等人和哈佛大学 Church研究小组开发的部分系统。Polonator测序仪同样也使用微乳液PCR法扩增模板片段，使用连接酶法 测序。不过，Polonator测序仪的价格要比其它第二代测序仪低得多。而且更重要的是，Polonator测序仪是 一个开源的设备，用户可以通过自己编程“设计”出最适合自己的测序仪。不过，Polonator测序仪目前可测 序的长度还非常有限。
值得注意的是，454测序仪、SOLiD测序仪以及Polonator测序仪还都存在一个共同的不足，那就是微乳 液PCR技术实在是太过麻烦并且对实验操作的技术要求较高。不过从另一方面来说，使用仅仅只有1μm大 小的磁珠构成的高密度测序芯片进行测序（不论是使用 聚合酶 法、 连接酶 法，还是其它的生化方法）是最有 可能实现的高通量测序方法。因为1μm是衍射技术（diffraction）所能分辨的极限大小了。另一方面，最近 报道的使用1μm磁珠进行高分辨率芯片点样技术的突破，使我们有望实现每个测序模板一个像素（one pixel per sequencing feature）的愿望。