随机肽的长度以及肽库的多样性
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随机肽的长度以及肽库的多样性
随机肽库
的多样性标准和质量是以库容量来评价的。理论上，噬菌体展示的肽段越长，其肽库多样性即库容量就越高，筛选的成功率就越大。但实际上肽库的多样性或库容量是受到多种因素限制的，除了上面所讨论的受到合成时密码子的限制外，还受到DNA转化效率和宿主大肠杆菌体内生物性“选择”等因素的限制，如有些对宿主细胞不利的多肽一般是很难存在的。目前库容量一般只能达到109
-1010
。例如一个随机6肽库，如果是由20种氨基酸随机组成的话，可以产生206
(即6．4X107
)不同组合的肽序列。当用4种核苷酸合成编码6肽(即18个核苷酸)的随机DNA片段时，可以有(4X4X4)6
即为6．9X1010
不同组合的核苷酸序列。
如上所述，采用NNK合成方式，则编码随机6肽库的DNA基因片段为(4X4X2)6
即1．07X109
。由此可见，随机6肽库的库容量能够达到109
以上，就认为是完全库。在这个随机肽库中，可能包含自然界中曾经出现过但已经被淘汰的肽，也可能包含正在存在的肽，甚至可能出现自然界中尚未存在或即将产生或很久以后才会出现的肽，因此可以认为肽库包含了这个长度所有可能的多肽。当然展示肽的长度越长，肽库就越不完全。目前已报道的随机肽库肽长度为6～43肽，最短也最常用的肽库为6肽库。为了增加长肽库的多样性，可以针对某个长度的肽段分别构建几个“子库”，然后混合后可以得到覆盖该长度肽段尽可能丰富的多样性。事实上，短肽常常可以模拟两个发生相互作用的蛋白质上几个连续的关键氨基酸序列，尤其是可以模拟在空间上相近的氨基酸序列。当然在模拟空间表位时，采用较长肽段的肽库更为有效，一个20个氨基酸长度的肽可以看作相当于15个不同的6肽，或14个7肽，或11个10肽，也就是说，一个长肽包含有一系列不同的短肽。从这个意义上讲，肽库的长度比多样性更有意义。
