大片段DNA测序(>50KB)
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鸟枪法测序的操作方法
1、用限制酶切下目的片段的大片段Insert DNA,并用Agarose凝胶电泳进行回收。
2、对回收的大片段DNA用物理方法(如超声波等)进行切断处理,然后用T4 DNA Polymerase对小片段DNA进行末端平滑化。
3、进行Agarose电泳,切胶回收1kbp ~2kbp的小片段DNA。然后用BcaBest DNA Polymerase在DNA的3'端加上一个A碱基。
4、把加上A-tail的DNA片段连入T-Vector中,然后转化,挑选克隆。
5、对阳性克隆(含1kbp~2kbp Insert)进行DNA测序。
6、对数据进行编辑,最后连成一条大片段的DNA序列。
DNA测序量
应该进行的DNA测序量以DNA片段实际长度的6-8倍量进行计算(针对实际片段大小确定测多少倍的覆盖率),对每个反应的有效测序长度定义为600Bases。
如:对100kbp的DNA片段进行测序时,可以按以下方法进行计算:
6倍测序量=100,000 Bases×6/600 Bases=1000个反应
8倍测序量=100,000 Bases×8/600 Bases=1333个反应
结果编辑
按上述所示的DNA测序量要求进行DNA测序,然后对其所有结果进行编辑。此时的测序结果会连接成数个DNA大片段(Contig)。
补缺工作
结果编辑工作结束后,会发现在数个DNA大片段(Contig)间的序列没有测定,此时应该通过primer walking来测序,进行整体DNA序列的补缺工作。