多肽中氨基酸置换问题

问：我实验中需要确定多肽（8肽）中的某个氨基酸的作用，把该氨基酸用其它氨基酸置换。请教“进行氨基酸置换”时有什么要求？如何选择哪个氨基酸可用来做置换前者？选择时有什么原则或方法？

答：1. 一般地，在蛋白中研究某部分（domain）氨基酸的重要性，通常采取Ala scanning的办法。因为Ala的侧链最简单，如果发生了什么效应可以减少一些其它因素的可能。

但这种情况，基本上是没有任何背景的情况下人们采取的办法。

2. 如果你对突变置换有一定的目的性，比如通过同源比较或者别的方法，想研究某特定氨基酸的意义，这时候你就有目的性了。不过我估计你可能不是这种情况。

3. 总共就一个氨基酸，如果你愿意，你可以换成正电荷氨基酸，负电荷氨基酸和不带电荷极性及非极性氨基酸。不过，最好在做之前对预期的结果有可能的解释。否则数据出来自己都不知道是为什么。

4. 如果有类似的文献支持，更好。

对于第一点，你搜搜ala scanning可以看到很多文献。个人浅见，供参考。