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Pyrosequencing DNA分析系统:基因甲基化研究的最佳工

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甲基化研究对于基因的

 
调控和肿瘤的发生有非常密切的关系。在一般正常的细胞中,基因调控区CpG岛处于非甲基化的状态。而当细胞发生癌变后,这些CG区域往往呈现甲基化状态。英国医学刊物《the Lancet》报道奥地利因斯布鲁克医学院的专家们早就可以通过检测大便中 DNA 的甲基化变化,把健康人的大便与结肠癌患者的大便区分开。大便标本中SFRP2  甲基化的程度是诊断结肠癌最灵敏的标记。研究人员发现,肿瘤的发生以及一些遗传病的出现和基因甲基化有非常密切的关系。目前 DNA 甲基化研究是肿瘤分子生物学研究的一个重要领域。

 

 

 

 

Pyrosequencing技术作为一种新的序列分析技术,能够快速地检测甲基化的频率,对样品中的甲基化位点进行定性及定量检测,为甲基化研究提供了新的途径。Pyrosequencing是一种通过合成方法进行序列分析的方法,它通过核苷酸和模板结合后释放的焦磷酸引发酶级联反应,促使荧光素发光并进行检测。这项技术曾经被用作单核苷酸多态性(SNP)的基因型和单倍型的检测,以及细菌和病毒的鉴定和分型研究。这项技术的一个主要特点是在Pyrogarm™软件 上显示的峰值高度来自于序列分析的原始数据,通过峰值的高度可以精确的检测混合 DNA 模板中等位基因的频率。

Pyrosequcing系统可以获得以下结果:

1  那些 DNA 序列位点发生甲基化?

2  每个位点的甲基化程度是多少?

3  这些位点的甲基化和疾病的相关性?

 

分析结果:

 

 

 

 

参考文献:

1.   Colella S., Shen L., Baggerly K.A., Issa J.-P.J., Krahe R. Sensitive and quantitative universal Pyrosequencing methylation analysis of CpG sites. BioTechniques, Jul 2003; 35: 146-150.

2.   Dupont JM, Tost J, Jammes H, and Gut IG. De novo quantitative bisulfite sequencing using the pyrosequencing technology. Anal Biochem, Oct 2004; 333(1): 119-27.

3.   Kiss, C., Nishikawa, J., Takada, K., Trivedi, P., Klein, G., Szekely, L. T cell leukemia I oncogene expression depends on the presence of Epstein-Barr virus in the virus-carrying Burkitt lymphoma lines.PNAS, 2003; 100(8): 4813-4818.

4.   Tooke N and Pettersson M. CpG methylation in clinical studies: utility, methods, and quality assurance. IVDT. Nov 2004; 41.

5.   Tost J, Dunker J, Gut IG.Analysis and quantification of multiple methylation variable positions in CpG islands by PyrosequencingTM. BioTechnigues. Jul 2003; 35: 152-156.

6.   Uhlmann K., Brinckmann A., Toliat M. R., Ritter H., Nürnberg P. Evaluation of a potential epigenetic biomarker by quantitative methyl-single nucleotide polymorphism analysis. Electrophoresis. 2002; 23: 4072-4079.

7.   Yang AS, Estecio MR, Doshi K, Kondo Y, Tajara EH, Issa JP. A simple method for estimating global DNA methylation using bisulfite PCR of repetitive DNA elements. Nucleic Acids Res. Feb 2004; 32(3): e38.

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