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逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)

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实验试剂

 

1.RNA提取试剂

2.第一链cDNA合成试剂盒

3.dNTPmix:含dATP、dCTP、dGTP、dTTP各2mM

4.Taq DNA聚合酶

实验步骤

 

1. 总RNA的提取:见相关内容。

2. cDNA第一链的合成:目前试剂公司有多种cDNA第一链试剂盒出售,其原理基本相同,但操作步骤不一。现以GIBICOL公司提供的SuperScriptTM Preamplification System for First Strand cDNA Synthesis 试剂盒为例。

(1)在0.5ml微量离心管中,加入总RNA 1-5μg,补充适量的DEPC H2O使总体积达11μl。在管中加10μM Oligo(dT)12-18 1μl,轻轻混匀、离心。

(2)70℃加热10min,立即将微量离心管插入冰浴中至少1min。

然后加入下列试剂的混合物:

   10×PCR buffer   2μl

   25mM MgCl2     2μl

   10mM dNTPmix   1μl

   0.1M DTT       2μl

   轻轻混匀,离心。42℃孵育2-5min。

(3)加入SuperscriptⅡ1μl ,在42℃水浴中孵育50min。

(4)于70℃加热15min以终止反应。

(5)将管插入冰中,加入RNase H 1μl ,37℃孵育20min,降解残留的RNA。-20℃保存备用。

3.PCR:

(1)取0.5ml PCR管,依次加入下列试剂:

   第一链cDNA          2μl

   上游引物(10pM)    2μl

   下游引物(10pM)    2μl

   dNTP(2mM)           4μl

   10×PCR buffer         5μl

   Taq 酶(2u/μl)       1μl

(2)加入适量的ddH2O,使总体积达50μl。轻轻混匀,离心。

(3)设定PCR程序。在适当的温度参数下扩增28-32个循环。为了保证实验结果的可靠与准确,可在PCR扩增目的基因时,加入一对内参(如G3PD)的特异性引物,同时扩增内参DNA,作为对照。

(4)电泳鉴定:进行琼脂糖凝胶电泳,紫外灯下观察结果。

(5)密度扫描、结果分析:采用凝胶图像分析系统,对电泳条带进行密度扫描。

注意事项

 

(1)、在实验过程中要防止RNA的降解,保持RNA的完整性。在总RNA的提取过程中,注意避免mRNA的断裂。

(2)、为了防止非特异性扩增,必须设阴性对照。

(3)、内参的设定:主要为了用于靶RNA的定量。常用的内参有G3PD(甘油醛-3-磷酸脱氢酶)、β-Actin(β-肌动蛋白)等。其目的在于避免RNA定量误差、加样误差以及各PCR反应体系中扩增效率不均一各孔间的温度差等所造成的误差。

(4)、PCR不能进入平台期,出现平台效应与所扩增的目的基因的长度、序列、二级结构以及目标DNA起始的数量有关。故对于每一个目标序列出现平台效应的循环数,均应通过单独实验来确定。

(5)、防止DNA的污染:采用DNA酶处理RNA样品,在可能的情况下,将PCR引物置于基因的不同外显子,以消除基因和mRNA的共线性。

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