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我用pp5.0设计的引物,高手帮忙看看选择哪个好啊!

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1734
我想做一种蛋白的mRNA水平检测,只想知道mRNA水平量的变化,不继续做表达等了,拜托了
2005年5月1日
引物1
sense:5'TGCCTGGCTGAGCGTTAC
anti--:3'TTTCCTGGTGTTCAGAGTCG
引物2
sense:5'TGCCTGGCTGAGCGTTAC
anti--:3'AGATTGGTGTCGGGTTGT
引物3
sense:5'AGTGCCTGGCTGAGCGTTAC
anti--:3'TTTCCTGGTGTTCAGAGTCG
引物4
sense:5'AGTGCCTGGCTGAGCGTTAC
anti--:3'AGATTGGTGTCGGGTTGT
引物5
sense:5'GTGGCTACTGCTCCTTCC
anti--:3'TTTCCTGGTGTTCAGAGTCG

length tm gc% ta op(度)
1. 引物1 466 57.6/54 61.1/50 55.6
2. 引物2 522 57.6/51.9 61.1/50 55.8
3. 引物4 468 60.3/54 60/50 55.6
4. 引物5 524 60.3/51.9 60/50 55.8
同时,怎么blast引物啊,我不太会看过程和结果。能否好人做到底啊?
怎么选择内参照啊,下面的是我在引物库里找的大鼠的beta-actin ,GAPDH,选哪个呢???
1.物种:人或鼠
2.基因名称:beta-actin
3.模板:cDNA
4.PCR类型及目的:RT-PCR
5.forward primer(5’-3’): CCA AGG CCA ACC GCG AGA AGA TGA C
reverse primer(5’-3’):AGG GTA CAT GGT GGT GCC GCC AGA C
6.产物长度(bp):人592bp,鼠587bp
7.退火温度:58℃

G3PDH 基因(已验证):
1. 物种:人/小鼠/大鼠 通用
2. 基因名称:G3PDH
3. 模板:cDNA
4. PCR类型及目的:PCR/Northern等内参照基因
forward primer(5’-3’):5'–ACCACAGTCCATGCCATCAC–3'
reverse primer(5’-3’):5'–TCCACCACCCTGTTGCTGTA–3'
6.产物长度(bp):439bp
7.引物浓度:0.5μmmol/L
8.退火温度:55-70℃甚至更宽的范围。

1. 物种:大鼠、小鼠、人
2. 基因名称:GAPDH
3. 模板:cDNA
4. PCR类型及目的:RT-PCR,内参照
5. Sense: 5’-ACCACAGTCCATGCCATCAC-3’,
Antisense: 5’-TCCACCACCCTGTTGCTGTA-3’
6. 产物长度(bp):452bp
7. 引物浓度:10pmmol/L
8. 退火温度:58-59度

1. 物种:大鼠、小鼠、人
2. 基因名称:β-actin
3. 模板:cDNA
4. PCR类型及目的:RT-PCR,内参照
5. Sense引物:5’- CACGATGGAGGGGCCGGACTCATC -3’
Antisense引物:5’- TAAAGACCTCTATGCCAACACAGT -3’
6. 产物长度(bp):240bp
7. 引物浓度:10pmmol/L
8. 退火温度:56-60度

1. 物种:大鼠
2. 基因名称:GAPDH
3. 模板:CDNA
4. PCR类型及目的:RT-PCR
5. forward primer(5’-3’):
reverse primer(5’-3’):CCATGCCATCACTGCCACTCAGAAGAC
probe(5’-3’):GAGGGCCTCTCTCTTGCTCTCAGTATC
6. 产物长度(bp):530
7. 退火温度:51

1. 物种:mouse
2. 基因名称:GAPDH
3. 模板:cDNA
4. PCR类型及目的:RT-PCR
5. forward primer: 5’-TCACTCAAGATTGTCAGCAA-3’ 
reverse primer: 5'-AGATCCACGACGGACACATT-3'
6. 产物长度(bp): 308bp
7. 引物浓度:0.25umol/L
8. 退火温度:58℃

1. 物种:rat
2. 基因名称:内参β-actin
3. 模板:cDNA
4. PCR类型及目的:RT-PCR
5. sense 5'-ATG CCA TCC TGC GTC TGG ACC TGG C-3'
antisense 5’-AGC ATT TGC GGT GCA CGA TGG AGG G-3’
6. 产物长度(bp):606
7. 退火温度:61℃

1. 物种:rat
2. 基因名称:beta-actin
3. 模板:cDNA
4. PCR类型及目的:RT-PCR
5. forward primer(5’-3’)(Q) : cggatgtccacgtcacactt
reverse primer(5’-3’)(K):gttgctatccaggctgtgct
6.产物长度(bp):470bp
7. 引物浓度:10mmol/L
8. 退火温度:53℃
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