我用pp5.0设计的引物，高手帮忙看看选择哪个好啊！
丁香园论坛
1701
我想做一种蛋白的mRNA水平检测，只想知道mRNA水平量的变化，不继续做表达等了，拜托了
2005年5月1日
引物1
sense:5'TGCCTGGCTGAGCGTTAC
anti--:3'TTTCCTGGTGTTCAGAGTCG
引物2
sense:5'TGCCTGGCTGAGCGTTAC
anti--:3'AGATTGGTGTCGGGTTGT
引物3
sense:5'AGTGCCTGGCTGAGCGTTAC
anti--:3'TTTCCTGGTGTTCAGAGTCG
引物4
sense:5'AGTGCCTGGCTGAGCGTTAC
anti--:3'AGATTGGTGTCGGGTTGT
引物5
sense:5'GTGGCTACTGCTCCTTCC
anti--:3'TTTCCTGGTGTTCAGAGTCG
length tm gc% ta op(度）
1. 引物1 466 57.6/54 61.1/50 55.6
2. 引物2 522 57.6/51.9 61.1/50 55.8
3. 引物4 468 60.3/54 60/50 55.6
4. 引物5 524 60.3/51.9 60/50 55.8
同时，怎么blast引物啊，我不太会看过程和结果。能否好人做到底啊？
怎么选择内参照啊，下面的是我在引物库里找的大鼠的beta-actin ,GAPDH,选哪个呢？？？
1.物种：人或鼠
2.基因名称：beta-actin
3.模板：cDNA
4.PCR类型及目的：RT-PCR
5.forward primer(5’-3’): CCA AGG CCA ACC GCG AGA AGA TGA C
reverse primer(5’-3’)：AGG GTA CAT GGT GGT GCC GCC AGA C
6.产物长度（bp）:人592bp，鼠587bp
7.退火温度：58℃
G3PDH 基因（已验证）：
1. 物种：人/小鼠/大鼠 通用
2. 基因名称：G3PDH
3. 模板：cDNA
4. PCR类型及目的：PCR/Northern等内参照基因
forward primer(5’-3’):5'–ACCACAGTCCATGCCATCAC–3'
reverse primer(5’-3’)：5'–TCCACCACCCTGTTGCTGTA–3'
6.产物长度（bp）:439bp
7.引物浓度：0.5μmmol/L
8.退火温度：55-70℃甚至更宽的范围。
1. 物种：大鼠、小鼠、人
2. 基因名称：GAPDH
3. 模板：cDNA
4. PCR类型及目的：RT－PCR，内参照
5. Sense： 5’-ACCACAGTCCATGCCATCAC-3’,
Antisense： 5’-TCCACCACCCTGTTGCTGTA-3’
6. 产物长度（bp）:452bp
7. 引物浓度：10pmmol/L
8. 退火温度：58-59度
1. 物种：大鼠、小鼠、人
2. 基因名称：β－actin
3. 模板：cDNA
4. PCR类型及目的：RT－PCR，内参照
5. Sense引物：5’- CACGATGGAGGGGCCGGACTCATC -3’
Antisense引物：5’- TAAAGACCTCTATGCCAACACAGT -3’
6. 产物长度（bp）:240bp
7. 引物浓度：10pmmol/L
8. 退火温度：56-60度
1. 物种：大鼠
2. 基因名称：GAPDH
3. 模板：CDNA
4. PCR类型及目的：RT-PCR
5. forward primer(5’-3’):
reverse primer(5’-3’)：CCATGCCATCACTGCCACTCAGAAGAC
probe(5’-3’):GAGGGCCTCTCTCTTGCTCTCAGTATC
6. 产物长度（bp）:530
7. 退火温度：51
1. 物种：mouse
2. 基因名称：GAPDH
3. 模板：cDNA
4. PCR类型及目的：RT-PCR
5. forward primer： 5’-TCACTCAAGATTGTCAGCAA-3’
reverse primer: 5'-AGATCCACGACGGACACATT-3'
6. 产物长度（bp）: 308bp
7. 引物浓度：0.25umol/L
8. 退火温度：58℃
1. 物种：rat
2. 基因名称：内参β-actin
3. 模板：cDNA
4. PCR类型及目的：RT-PCR
5. sense 5'-ATG CCA TCC TGC GTC TGG ACC TGG C-3'
antisense 5’-AGC ATT TGC GGT GCA CGA TGG AGG G-3’
6. 产物长度（bp）：606
7. 退火温度：61℃
1. 物种：rat
2. 基因名称：beta-actin
3. 模板：cDNA
4. PCR类型及目的：RT-PCR
5. forward primer(5’-3’)(Q) : cggatgtccacgtcacactt
reverse primer(5’-3’)(K)：gttgctatccaggctgtgct
6.产物长度（bp）:470bp
7. 引物浓度：10mmol/L
8. 退火温度：53℃
2005年5月1日
引物1
sense:5'TGCCTGGCTGAGCGTTAC
anti--:3'TTTCCTGGTGTTCAGAGTCG
引物2
sense:5'TGCCTGGCTGAGCGTTAC
anti--:3'AGATTGGTGTCGGGTTGT
引物3
sense:5'AGTGCCTGGCTGAGCGTTAC
anti--:3'TTTCCTGGTGTTCAGAGTCG
引物4
sense:5'AGTGCCTGGCTGAGCGTTAC
anti--:3'AGATTGGTGTCGGGTTGT
引物5
sense:5'GTGGCTACTGCTCCTTCC
anti--:3'TTTCCTGGTGTTCAGAGTCG
length tm gc% ta op(度）
1. 引物1 466 57.6/54 61.1/50 55.6
2. 引物2 522 57.6/51.9 61.1/50 55.8
3. 引物4 468 60.3/54 60/50 55.6
4. 引物5 524 60.3/51.9 60/50 55.8
同时，怎么blast引物啊，我不太会看过程和结果。能否好人做到底啊？
怎么选择内参照啊，下面的是我在引物库里找的大鼠的beta-actin ,GAPDH,选哪个呢？？？
1.物种：人或鼠
2.基因名称：beta-actin
3.模板：cDNA
4.PCR类型及目的：RT-PCR
5.forward primer(5’-3’): CCA AGG CCA ACC GCG AGA AGA TGA C
reverse primer(5’-3’)：AGG GTA CAT GGT GGT GCC GCC AGA C
6.产物长度（bp）:人592bp，鼠587bp
7.退火温度：58℃
G3PDH 基因（已验证）：
1. 物种：人/小鼠/大鼠 通用
2. 基因名称：G3PDH
3. 模板：cDNA
4. PCR类型及目的：PCR/Northern等内参照基因
forward primer(5’-3’):5'–ACCACAGTCCATGCCATCAC–3'
reverse primer(5’-3’)：5'–TCCACCACCCTGTTGCTGTA–3'
6.产物长度（bp）:439bp
7.引物浓度：0.5μmmol/L
8.退火温度：55-70℃甚至更宽的范围。
1. 物种：大鼠、小鼠、人
2. 基因名称：GAPDH
3. 模板：cDNA
4. PCR类型及目的：RT－PCR，内参照
5. Sense： 5’-ACCACAGTCCATGCCATCAC-3’,
Antisense： 5’-TCCACCACCCTGTTGCTGTA-3’
6. 产物长度（bp）:452bp
7. 引物浓度：10pmmol/L
8. 退火温度：58-59度
1. 物种：大鼠、小鼠、人
2. 基因名称：β－actin
3. 模板：cDNA
4. PCR类型及目的：RT－PCR，内参照
5. Sense引物：5’- CACGATGGAGGGGCCGGACTCATC -3’
Antisense引物：5’- TAAAGACCTCTATGCCAACACAGT -3’
6. 产物长度（bp）:240bp
7. 引物浓度：10pmmol/L
8. 退火温度：56-60度
1. 物种：大鼠
2. 基因名称：GAPDH
3. 模板：CDNA
4. PCR类型及目的：RT-PCR
5. forward primer(5’-3’):
reverse primer(5’-3’)：CCATGCCATCACTGCCACTCAGAAGAC
probe(5’-3’):GAGGGCCTCTCTCTTGCTCTCAGTATC
6. 产物长度（bp）:530
7. 退火温度：51
1. 物种：mouse
2. 基因名称：GAPDH
3. 模板：cDNA
4. PCR类型及目的：RT-PCR
5. forward primer： 5’-TCACTCAAGATTGTCAGCAA-3’
reverse primer: 5'-AGATCCACGACGGACACATT-3'
6. 产物长度（bp）: 308bp
7. 引物浓度：0.25umol/L
8. 退火温度：58℃
1. 物种：rat
2. 基因名称：内参β-actin
3. 模板：cDNA
4. PCR类型及目的：RT-PCR
5. sense 5'-ATG CCA TCC TGC GTC TGG ACC TGG C-3'
antisense 5’-AGC ATT TGC GGT GCA CGA TGG AGG G-3’
6. 产物长度（bp）：606
7. 退火温度：61℃
1. 物种：rat
2. 基因名称：beta-actin
3. 模板：cDNA
4. PCR类型及目的：RT-PCR
5. forward primer(5’-3’)(Q) : cggatgtccacgtcacactt
reverse primer(5’-3’)(K)：gttgctatccaggctgtgct
6.产物长度（bp）:470bp
7. 引物浓度：10mmol/L
8. 退火温度：53℃
