【兴趣小组】《Guide to Protein Purification, 2nd Edition》读书笔记（一）
丁香园论坛
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【兴趣小组】《Guide to Protein Purification, 2nd Edition》读书笔记（二）
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=65&id=16631165&sty=1&tpg=1&age=0
下载千本书不如好好读一本书，承蒙FreeCell版主提供的资源，《Guide to Protein Purification, 2nd Edition》Methods in Enzymology, Volume 463
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=65&id=16537736&sty=1&tpg=1&age=0
做个读书笔记，理一理自己的思绪。借他人的文字来总结一下自己的经验。
由于全书有783页，很长，估计我这个读书笔记也要做很久，但我想坚持下去，把它做完，即使做个一年……。
由于是个人的读书笔记，引用的原书文字为本人感兴趣的部分，评价也好，有感而发也好，亦如此,并非对全书内容的介绍和总结。如果有混乱的地方，请参看原版书。
全书共有12节（Section），44章（Chapter），初定为以每节（Section）为一个笔记。
第一部分：Chapter 1-4
1. Why Purify Enzymes? 1
Section I. Developing Purification Procedures 7
2. Strategies and Considerations for Protein Purifications 9
3. Use of Bioinformatics in Planning a Protein Purification 21
4. Preparing a Purification Summary Table 29
C H A P T E R O N E
Why Purify Enzymes?
Arthur Kornberg
本章的作者是做酶学研究的，核心思想就是开篇的这么一句话‘‘Don’t waste clean thinking on dirty enzymes’’。
由于蛋白酶的高催化活性，对酶学研究来说，有时候即使痕量其它杂质酶的存在都会对试验观察结果有极大的影响。怎么办？当然是先Purify，再研究。
作者主要观点应该是来自于天然酶的纯化。对我们做纯化的来说，也是有类似的感慨，重组蛋白相对来说好做，天然蛋白不好做。天然原料体系复杂，相对含量少，对体系中其它组分的要求高，很可能是杂质的东西却是维持目标蛋白活性的重要因素。
Section I. Developing Purification Procedures
C H A P T E R T W O
Strategies and Considerations for Protein Purifications
Stuart Linn
策略Strategies，又见策略。呵呵，其实所谓策略是最简单的、共性的东西；是方向性的，但不是具体性的；可以用来指导试验的设计，但不能指导试验的细节；是基础知识，不是高楼。
我们要从策略中学习到轮廓性的东西，在自己的试验当中去清晰它。
It is well worth the effort to carry out stability studies (e.g., heat inactivation or storage trials) in order to learn how to maintain a stable, soluble protein. Three notes of caution: (1) optimal storage conditions may change with purification; (2) storage conditions may alter peptide–peptide interactions; and (3) optimal storage conditions need not relate to optimal conditions for activity. Indeed, materials that stabilize a protein might inhibit it when added to activity mixes. Of course, the latter situation must be considered when utilizing the protein—interfering substances will have to be removed or ‘‘diluted out’’ for utilization of the protein.
很有启发性的一段话。
1、蛋白质的最优储存条件可能会随着纯化过程的进展而变化；
2、蛋白质的储存条件可能会改变蛋白质之间的相互作用；
3、蛋白质的最优储存条件并非最佳的活性表现条件。
In our experience, reducing agents are particularly effective for storage of bacterial enzymes that often derive from a reducing environment, whereas enzymes from animals often take kindly to surfactants or protease inhibitors. Fungal proteins also respond to protease inhibitors. Optimal pH and salt concentrations vary widely.
细菌的酶产生于还原环境（文章的后面有叙述），所以含还原剂的保存条件对这种菌源酶特别有效。类似的，动物源的酶通常耐受表面活性剂或蛋白酶抑制剂；真菌源的酶对蛋白酶抑制剂也耐受。而保存最佳的pH和盐浓度却是个性相关，变化很大。
这段话也比较有意思，我以前从来没有意识到。现在看到了，但不是很认同。细菌的酶产生于还原环境，所以保存时应该加入还原剂？且不说细菌的酶是否都处于还原环境中。一个蛋白高级结构的维持是表现活性的必要条件。还原或非还原环境影响的是半胱氨酸之间形成二硫键。如果结构中的活性不依赖于自由的巯基（当然很多酶是依赖的，但也有很多是不依赖的），这就与还原无关，加入还原剂甚至有害。
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做个读书笔记，理一理自己的思绪。借他人的文字来总结一下自己的经验。
由于全书有783页，很长，估计我这个读书笔记也要做很久，但我想坚持下去，把它做完，即使做个一年……。
由于是个人的读书笔记，引用的原书文字为本人感兴趣的部分，评价也好，有感而发也好，亦如此,并非对全书内容的介绍和总结。如果有混乱的地方，请参看原版书。
全书共有12节（Section），44章（Chapter），初定为以每节（Section）为一个笔记。
第一部分：Chapter 1-4
1. Why Purify Enzymes? 1
Section I. Developing Purification Procedures 7
2. Strategies and Considerations for Protein Purifications 9
3. Use of Bioinformatics in Planning a Protein Purification 21
4. Preparing a Purification Summary Table 29
C H A P T E R O N E
Why Purify Enzymes?
Arthur Kornberg
本章的作者是做酶学研究的，核心思想就是开篇的这么一句话‘‘Don’t waste clean thinking on dirty enzymes’’。
由于蛋白酶的高催化活性，对酶学研究来说，有时候即使痕量其它杂质酶的存在都会对试验观察结果有极大的影响。怎么办？当然是先Purify，再研究。
作者主要观点应该是来自于天然酶的纯化。对我们做纯化的来说，也是有类似的感慨，重组蛋白相对来说好做，天然蛋白不好做。天然原料体系复杂，相对含量少，对体系中其它组分的要求高，很可能是杂质的东西却是维持目标蛋白活性的重要因素。
Section I. Developing Purification Procedures
C H A P T E R T W O
Strategies and Considerations for Protein Purifications
Stuart Linn
策略Strategies，又见策略。呵呵，其实所谓策略是最简单的、共性的东西；是方向性的，但不是具体性的；可以用来指导试验的设计，但不能指导试验的细节；是基础知识，不是高楼。
我们要从策略中学习到轮廓性的东西，在自己的试验当中去清晰它。
It is well worth the effort to carry out stability studies (e.g., heat inactivation or storage trials) in order to learn how to maintain a stable, soluble protein. Three notes of caution: (1) optimal storage conditions may change with purification; (2) storage conditions may alter peptide–peptide interactions; and (3) optimal storage conditions need not relate to optimal conditions for activity. Indeed, materials that stabilize a protein might inhibit it when added to activity mixes. Of course, the latter situation must be considered when utilizing the protein—interfering substances will have to be removed or ‘‘diluted out’’ for utilization of the protein.
很有启发性的一段话。
1、蛋白质的最优储存条件可能会随着纯化过程的进展而变化；
2、蛋白质的储存条件可能会改变蛋白质之间的相互作用；
3、蛋白质的最优储存条件并非最佳的活性表现条件。
In our experience, reducing agents are particularly effective for storage of bacterial enzymes that often derive from a reducing environment, whereas enzymes from animals often take kindly to surfactants or protease inhibitors. Fungal proteins also respond to protease inhibitors. Optimal pH and salt concentrations vary widely.
细菌的酶产生于还原环境（文章的后面有叙述），所以含还原剂的保存条件对这种菌源酶特别有效。类似的，动物源的酶通常耐受表面活性剂或蛋白酶抑制剂；真菌源的酶对蛋白酶抑制剂也耐受。而保存最佳的pH和盐浓度却是个性相关，变化很大。
这段话也比较有意思，我以前从来没有意识到。现在看到了，但不是很认同。细菌的酶产生于还原环境，所以保存时应该加入还原剂？且不说细菌的酶是否都处于还原环境中。一个蛋白高级结构的维持是表现活性的必要条件。还原或非还原环境影响的是半胱氨酸之间形成二硫键。如果结构中的活性不依赖于自由的巯基（当然很多酶是依赖的，但也有很多是不依赖的），这就与还原无关，加入还原剂甚至有害。
