【资源】蛋白质分析及结构预测大全
丁香园论坛
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以下是我收集的一些资料：
蛋白质数据库
SWISS-PROT或TrEMBL
http://www.ebi.ac.uk/swissprot/
http://www.expasy.ch/sprot/
PIR
http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/
PRF
http://www.prf.or.jp/
PDBSTR
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www bfind?pdbstr-today
Prosite
http://www.expasy.ch/sprot/prosite.html
结构数据库
PDB
http://www.rcsb.org/pdb
http://www.pdb.org
NDB
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html
http://ndbserver.rutgers.edu/
DNA-Binding Protein Database
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/structure-finder/dnabind/index.html
NMR Nucleic Acids Database
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/structure-finder/nmr/index.html
Protein Plus Database
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/structure-finder/protein/index.html
Swiss 3Dimage
http://www.expasy.ch/sw3d/
SCOP
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/
CATH
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/
蛋白质结构预测分析
Expasy
http://www.expasy.ch/
Predicting protein secondary structure
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/pssprediction/pssp.html
Predicting protein 3D Structures
http://dove.embl-heidelberg.de/3D/
Predicting protein structures
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/seq-search/struc-predict.html
蛋白质分析软件
名称 cn3d 时间
版本 操作平台 Windows
功能简介 See in 3D的缩写.允许你在线作为客户端可视并交互地观察NCBI Entrez数据库的立体蛋白序列,也可用来离线观察蛋白序列与序列排序.读取MMDB格式文件，不能读取PDB格式文件，但可以输出为PDB格式文件.这是与RASMOL的最大不同.
名称 crystinfor 时间
版本 操作平台 Windows
功能简介 CrystInfo 1.0是一个Windows应用程序，用来快速、容易地构建、观察与检查晶体结构.可以使用几个分子展示模式,并且根据内建的光线追踪算法也可以使绘出的图像带光影效果，如阴影与反射效果.晶体的任何参数可以随意调整，可以改变晶体内单个原子、原子类型与键型，并可以改变晶体自身的空间群体与单位晶格的参数.
名称 eMolecule 时间
版本 操作平台 DOS
功能简介 eMolecule读取一个由Zuker编写的PCFOLD程序生成的.CT文件,并显示出与该文件描述的分子结构相应的2D图象.
名称 FAST 时间 May 1989
版本 操作平台 DOS
功能简介 FAST用于研究蛋白质的结构,它可以根据特殊氨基酸的参数绘出蛋白质的外形轮廓.
名称 ICMLite 时间
版本 2.7 操作平台 Windows
功能简介 3维分子浏览工具,是MolSoft公司出品的软件ICM的简化版,免费推出.但功能十分强大.可读取PDB格式及其他数种格式的分子文件,易于操作,显示的分子图像我认为优于RasMol,值得一试.还可以进行一些计算操作.
名称 JMVC 时间
版本 2 操作平台 DOS
功能简介 Java3D Molecular Visualisation System 的缩写,使用JAVA技术编写的三维分子查看器，需要安装Java3D，2.1M，后才能执行，此版本使用浏览器执行，也可到原始网站下载Java源程序.
名称 Melprot 时间 Mar. 14 1990
版本 操作平台 DOS
功能简介 Melprot是一个自解压的BASIC源程序包,其功能是为蛋白质预测和描绘二级结构.
名称 Molecule 时间 May 25 1987
版本 操作平台 DOS
功能简介 Molecule是一个Turbo Pascal源程序,编译后程序可以读取Zuker的FOLD程序生成的一个 .CT数据文件,并使用TURBO Graphix Toolbox绘图程序绘出结构图.
名称 Moilin
版本 2.3 操作平台 Windows
功能简介 分子构建与观察软件，是Tinker软件的Windows界面程序.
名称 molmol
版本 2k.1.0-bin 操作平台 Windows
功能简介 主要用来进行各种分子文件的转换,支持30种主要分子格式,也可以用来进行3维分子的简单显示.可将PDB格式输出为POV格式后，用POV-RAY进行渲染，生成非常漂亮的三维图形.演示版只支持样板文件与原子数小于20的分子文件格式的转换. 不知是否有取巧的办法.
名称 MolPOV 版本 2.0 操作平台 Windows
功能简介 MolPOV是PDB格式至POV格式转化工具,可以将大分子PDB格式文件转化为POV 格式, 以便用pov-ray进行三维渲染,生成质量非常高的分子三维图形. 软件有许多选项,只需设定这些选项，便能生成相应的POV格式文件，直接调用Pov-Ray软件，生成相应的非常高质量的三维图像.
名称 Ortep-3 版本 操作平台 Windows
功能简介 用来生成分子的热椭圆形点图.可结合使用POV-RAY生成漂亮的分子图. 图片与动画栏目有12张本软件生成的分子艺术图片.安装时需要密码,可免费向ortep3@chem.gla.ac.uk 发信索取.
名称 Oscail
版本 8 操作平台 DOS
功能简介 用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包，可以显示高质量图片，也可进行三维渲染，还可以进行动画处理.软件包内还包括了粉晶谱（Powder pattern）模拟软件.
名称 Pcfold
版本 4.0 操作平台 DOS
功能简介 Pcfold 用来预测RNA的二级结构. 本程序解压后包含两个版本的 Pcfold：Pcfold.exe,它含有一个陈列包裹，可以延长其所能分析的碱基数( 最大至425个 );和Pcfold2.exe它最多只能分析345个碱基.
名称 PCMolecule2 Lite 版本 2.0 操作平台 Windows
功能简介 为PCMolecule 2.0的简化版,免费推出，用来方便地查看PDB格式文件，可自由设定背景颜色、打光方向,并能根据设定让分子自动旋转.可惜与正式版比较,功能太少.
名称 Povwin3 版本 操作平台 Windows
功能简介 是一个高质量、完全免费创造最棒三维图像的非常有名的工具，用在分子生物学上， 便是用它生成高质量的三维大分子图像.见过Science封面上漂亮极的分子图像吗？便是用它与Rasmol结合制作出来的.运算POV格式文件,生成三维图形，非常棒.
名称 Predator
版本 2.1 操作平台 DOS
功能简介 Predator根据单个序列或多个序列进行蛋白质二级结构预测，对于单独的序列,准确率可达到68%,对于一些相关序列,准确率可达75%. Predator不需要多序列比对程序,但其依赖于查询序列所在序列集的准确的双序列局部比对.
名称 Predict 时间 1989
版本 1.2 操作平台 DOS
功能简介 Predict搜寻N端糖基化位点(N-glycosylation sites)并使用程序启动提到的的数学方法来计算并预测蛋白质结构.可预测肽链最大长度为1800个氨基酸.
－这些数学方法是:
hydrophilicity (Hopp & Woods 1981)
hydropathy (Kyte & Doolittle 1982)
flexibility (Karplus & Schulz 1985)
surface probability (Emini 1985 & Janin 1978)
antigenicity (Welling et al. 1985)
secondary structure (Garnier et al. 1978)
名称 rasmol 时间
版本 2.7 操作平台 Windows
功能简介 RasMol是一个蛋白质三级结构图形显示程序,其功能十分齐全. 它可以以多种形式显示三级结构(Wireframe,Backbone,Sticks,Spacefill,Ball&Stick,Ribbons, Strands).
他支持的文件格式包括Brookhaven Databank~undefined.pdb~undefined.ent),Alchemy File Format ~undefined.alc~undefined.mol),CHARMm File Format~undefined.chm),MSC(XMol)XYZ Form~undefined.xyz),MDL Mol File Format~undefined.mdl~undefined.mol),Sybyl MOL2 Format~undefined.syb~undefined.mol).巨棒!!!
名称 RNA draw 时间
版本 1.1b2 操作平台 Windows
功能简介 RNA draw 是 RNA 二级结构分析软件,可通过设定参数对RNA一级序列进行分析，计算其二级结构.此软件功能强大，其最大特色在于其很强的右键功能.
名称 RNAstructure 3.5 时间
版本 1.0（缺） 操作平台 Windows
功能简介 Unix平台软件mfold的for Windows版本，输入或载入RNA的一级序列,根据最小自由能原理,依据一定算法,预测出其二级结构图，非常出色的一个程序.
名称 Spdbv 时间
版本 3.7b2 操作平台 Windows
功能简介 即Swiss-PdbViewer，是一个界面非常友好的应用程序，使用起来比RASMOL 方便,用来同时分析几个蛋白PDB文件.可以将几个蛋白叠加起来用来分析结构类似性，比较活性位点或其它有关位点.通过菜单操作与直观的图形,可以很容易获得氢键、角度、原子距离、氨基酸突变等数据. 该软件与Swiss-Model服务器（蛋白立体结构构建服务器）紧密关联，可以从软件直接连到Swiss-Model服务器进行理论蛋白立体结构构建.而且，该软件可以调用POV-Ray软件（见上）生成质量非常高的蛋白图像.
名称 Stride 时间
版本 1.0 操作平台 DOS
功能简介 Stride从原子排列中(atomic coordinates)预测(assignment)蛋白质二级结构.
名称 StrukEd Demo 时间
版本 操作平台 Windows
功能简介 化学分子编辑与三维模型生成软件StrukEd Demo，用来方便的编辑化学分子二级与三级结构，同时可以进行一些简单量子化学与电子结构计算，支持POV-Ray格式输出,可用POV-Ray进行分子三维结构进一步渲染,生成非常漂亮的分子艺术图片. Demo 版有一些限制，包括可编辑原子小于10个等等.
名称 Tcl 8.0和RnaViz 1.0 时间
版本 操作平台
功能简介 RNA二级结构图绘制程序.可生成发表质量的二级结构图，可显示一些特殊结构.先安装Tcl 8.0,再安装RnaViz 1.0 .
名称 Tinker 时间
版本 3.8 操作平台
功能简介 为DOS下的分子设计建模软件,可使用许多常用参数集,英文使用手册,482K，PDF格式.
名称 VMD 时间
版本 1.6a3 操作平台 Windows
功能简介 用来显示生物分子的微观立体结构，更棒的功能是可以利用内建的功能，做出动画效果. 非常酷.
名称 WLViewerLite 时间 July 1997
版本 3.7 操作平台 Windows
功能简介 即Weblab Viewlite ,三维分子浏览工具,是分子模拟公司出品的软件Weblab ViewPro 的简化版,免费推出,但功能也十分强大. 可读取PDB格式及其他数种格式的分子文件,易于操作,性能不差于RasMol,值得一试.
名称 WPDB 时间
版本 2.2(缺) 操作平台
功能简介 美国国家计算机科学与工程学实验室开发的基于Windows的PDB 文件查询与处理分析软件，全套软件下载后，其数据库中，含有6097个蛋白序列的PDB文件， 为1997年7月的全部PDB文件.可进行各种检索、序列排队检索、氨基酸特性图分析、3D结构显示、几何学计算(键角、键长等等) 等等功能,可以直接调用Rasmol观看3D结构.可以使用WPDBL建立自己的PDB文件数据库.
蛋白质数据库
SWISS-PROT或TrEMBL
http://www.ebi.ac.uk/swissprot/
http://www.expasy.ch/sprot/
PIR
http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/
PRF
http://www.prf.or.jp/
PDBSTR
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www bfind?pdbstr-today
Prosite
http://www.expasy.ch/sprot/prosite.html
结构数据库
PDB
http://www.rcsb.org/pdb
http://www.pdb.org
NDB
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html
http://ndbserver.rutgers.edu/
DNA-Binding Protein Database
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/structure-finder/dnabind/index.html
NMR Nucleic Acids Database
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/structure-finder/nmr/index.html
Protein Plus Database
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/structure-finder/protein/index.html
Swiss 3Dimage
http://www.expasy.ch/sw3d/
SCOP
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/
CATH
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/
蛋白质结构预测分析
Expasy
http://www.expasy.ch/
Predicting protein secondary structure
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/pssprediction/pssp.html
Predicting protein 3D Structures
http://dove.embl-heidelberg.de/3D/
Predicting protein structures
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/seq-search/struc-predict.html
蛋白质分析软件
名称 cn3d 时间
版本 操作平台 Windows
功能简介 See in 3D的缩写.允许你在线作为客户端可视并交互地观察NCBI Entrez数据库的立体蛋白序列,也可用来离线观察蛋白序列与序列排序.读取MMDB格式文件，不能读取PDB格式文件，但可以输出为PDB格式文件.这是与RASMOL的最大不同.
名称 crystinfor 时间
版本 操作平台 Windows
功能简介 CrystInfo 1.0是一个Windows应用程序，用来快速、容易地构建、观察与检查晶体结构.可以使用几个分子展示模式,并且根据内建的光线追踪算法也可以使绘出的图像带光影效果，如阴影与反射效果.晶体的任何参数可以随意调整，可以改变晶体内单个原子、原子类型与键型，并可以改变晶体自身的空间群体与单位晶格的参数.
名称 eMolecule 时间
版本 操作平台 DOS
功能简介 eMolecule读取一个由Zuker编写的PCFOLD程序生成的.CT文件,并显示出与该文件描述的分子结构相应的2D图象.
名称 FAST 时间 May 1989
版本 操作平台 DOS
功能简介 FAST用于研究蛋白质的结构,它可以根据特殊氨基酸的参数绘出蛋白质的外形轮廓.
名称 ICMLite 时间
版本 2.7 操作平台 Windows
功能简介 3维分子浏览工具,是MolSoft公司出品的软件ICM的简化版,免费推出.但功能十分强大.可读取PDB格式及其他数种格式的分子文件,易于操作,显示的分子图像我认为优于RasMol,值得一试.还可以进行一些计算操作.
名称 JMVC 时间
版本 2 操作平台 DOS
功能简介 Java3D Molecular Visualisation System 的缩写,使用JAVA技术编写的三维分子查看器，需要安装Java3D，2.1M，后才能执行，此版本使用浏览器执行，也可到原始网站下载Java源程序.
名称 Melprot 时间 Mar. 14 1990
版本 操作平台 DOS
功能简介 Melprot是一个自解压的BASIC源程序包,其功能是为蛋白质预测和描绘二级结构.
名称 Molecule 时间 May 25 1987
版本 操作平台 DOS
功能简介 Molecule是一个Turbo Pascal源程序,编译后程序可以读取Zuker的FOLD程序生成的一个 .CT数据文件,并使用TURBO Graphix Toolbox绘图程序绘出结构图.
名称 Moilin
版本 2.3 操作平台 Windows
功能简介 分子构建与观察软件，是Tinker软件的Windows界面程序.
名称 molmol
版本 2k.1.0-bin 操作平台 Windows
功能简介 主要用来进行各种分子文件的转换,支持30种主要分子格式,也可以用来进行3维分子的简单显示.可将PDB格式输出为POV格式后，用POV-RAY进行渲染，生成非常漂亮的三维图形.演示版只支持样板文件与原子数小于20的分子文件格式的转换. 不知是否有取巧的办法.
名称 MolPOV 版本 2.0 操作平台 Windows
功能简介 MolPOV是PDB格式至POV格式转化工具,可以将大分子PDB格式文件转化为POV 格式, 以便用pov-ray进行三维渲染,生成质量非常高的分子三维图形. 软件有许多选项,只需设定这些选项，便能生成相应的POV格式文件，直接调用Pov-Ray软件，生成相应的非常高质量的三维图像.
名称 Ortep-3 版本 操作平台 Windows
功能简介 用来生成分子的热椭圆形点图.可结合使用POV-RAY生成漂亮的分子图. 图片与动画栏目有12张本软件生成的分子艺术图片.安装时需要密码,可免费向ortep3@chem.gla.ac.uk 发信索取.
名称 Oscail
版本 8 操作平台 DOS
功能简介 用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包，可以显示高质量图片，也可进行三维渲染，还可以进行动画处理.软件包内还包括了粉晶谱（Powder pattern）模拟软件.
名称 Pcfold
版本 4.0 操作平台 DOS
功能简介 Pcfold 用来预测RNA的二级结构. 本程序解压后包含两个版本的 Pcfold：Pcfold.exe,它含有一个陈列包裹，可以延长其所能分析的碱基数( 最大至425个 );和Pcfold2.exe它最多只能分析345个碱基.
名称 PCMolecule2 Lite 版本 2.0 操作平台 Windows
功能简介 为PCMolecule 2.0的简化版,免费推出，用来方便地查看PDB格式文件，可自由设定背景颜色、打光方向,并能根据设定让分子自动旋转.可惜与正式版比较,功能太少.
名称 Povwin3 版本 操作平台 Windows
功能简介 是一个高质量、完全免费创造最棒三维图像的非常有名的工具，用在分子生物学上， 便是用它生成高质量的三维大分子图像.见过Science封面上漂亮极的分子图像吗？便是用它与Rasmol结合制作出来的.运算POV格式文件,生成三维图形，非常棒.
名称 Predator
版本 2.1 操作平台 DOS
功能简介 Predator根据单个序列或多个序列进行蛋白质二级结构预测，对于单独的序列,准确率可达到68%,对于一些相关序列,准确率可达75%. Predator不需要多序列比对程序,但其依赖于查询序列所在序列集的准确的双序列局部比对.
名称 Predict 时间 1989
版本 1.2 操作平台 DOS
功能简介 Predict搜寻N端糖基化位点(N-glycosylation sites)并使用程序启动提到的的数学方法来计算并预测蛋白质结构.可预测肽链最大长度为1800个氨基酸.
－这些数学方法是:
hydrophilicity (Hopp & Woods 1981)
hydropathy (Kyte & Doolittle 1982)
flexibility (Karplus & Schulz 1985)
surface probability (Emini 1985 & Janin 1978)
antigenicity (Welling et al. 1985)
secondary structure (Garnier et al. 1978)
名称 rasmol 时间
版本 2.7 操作平台 Windows
功能简介 RasMol是一个蛋白质三级结构图形显示程序,其功能十分齐全. 它可以以多种形式显示三级结构(Wireframe,Backbone,Sticks,Spacefill,Ball&Stick,Ribbons, Strands).
他支持的文件格式包括Brookhaven Databank~undefined.pdb~undefined.ent),Alchemy File Format ~undefined.alc~undefined.mol),CHARMm File Format~undefined.chm),MSC(XMol)XYZ Form~undefined.xyz),MDL Mol File Format~undefined.mdl~undefined.mol),Sybyl MOL2 Format~undefined.syb~undefined.mol).巨棒!!!
名称 RNA draw 时间
版本 1.1b2 操作平台 Windows
功能简介 RNA draw 是 RNA 二级结构分析软件,可通过设定参数对RNA一级序列进行分析，计算其二级结构.此软件功能强大，其最大特色在于其很强的右键功能.
名称 RNAstructure 3.5 时间
版本 1.0（缺） 操作平台 Windows
功能简介 Unix平台软件mfold的for Windows版本，输入或载入RNA的一级序列,根据最小自由能原理,依据一定算法,预测出其二级结构图，非常出色的一个程序.
名称 Spdbv 时间
版本 3.7b2 操作平台 Windows
功能简介 即Swiss-PdbViewer，是一个界面非常友好的应用程序，使用起来比RASMOL 方便,用来同时分析几个蛋白PDB文件.可以将几个蛋白叠加起来用来分析结构类似性，比较活性位点或其它有关位点.通过菜单操作与直观的图形,可以很容易获得氢键、角度、原子距离、氨基酸突变等数据. 该软件与Swiss-Model服务器（蛋白立体结构构建服务器）紧密关联，可以从软件直接连到Swiss-Model服务器进行理论蛋白立体结构构建.而且，该软件可以调用POV-Ray软件（见上）生成质量非常高的蛋白图像.
名称 Stride 时间
版本 1.0 操作平台 DOS
功能简介 Stride从原子排列中(atomic coordinates)预测(assignment)蛋白质二级结构.
名称 StrukEd Demo 时间
版本 操作平台 Windows
功能简介 化学分子编辑与三维模型生成软件StrukEd Demo，用来方便的编辑化学分子二级与三级结构，同时可以进行一些简单量子化学与电子结构计算，支持POV-Ray格式输出,可用POV-Ray进行分子三维结构进一步渲染,生成非常漂亮的分子艺术图片. Demo 版有一些限制，包括可编辑原子小于10个等等.
名称 Tcl 8.0和RnaViz 1.0 时间
版本 操作平台
功能简介 RNA二级结构图绘制程序.可生成发表质量的二级结构图，可显示一些特殊结构.先安装Tcl 8.0,再安装RnaViz 1.0 .
名称 Tinker 时间
版本 3.8 操作平台
功能简介 为DOS下的分子设计建模软件,可使用许多常用参数集,英文使用手册,482K，PDF格式.
名称 VMD 时间
版本 1.6a3 操作平台 Windows
功能简介 用来显示生物分子的微观立体结构，更棒的功能是可以利用内建的功能，做出动画效果. 非常酷.
名称 WLViewerLite 时间 July 1997
版本 3.7 操作平台 Windows
功能简介 即Weblab Viewlite ,三维分子浏览工具,是分子模拟公司出品的软件Weblab ViewPro 的简化版,免费推出,但功能也十分强大. 可读取PDB格式及其他数种格式的分子文件,易于操作,性能不差于RasMol,值得一试.
名称 WPDB 时间
版本 2.2(缺) 操作平台
功能简介 美国国家计算机科学与工程学实验室开发的基于Windows的PDB 文件查询与处理分析软件，全套软件下载后，其数据库中，含有6097个蛋白序列的PDB文件， 为1997年7月的全部PDB文件.可进行各种检索、序列排队检索、氨基酸特性图分析、3D结构显示、几何学计算(键角、键长等等) 等等功能,可以直接调用Rasmol观看3D结构.可以使用WPDBL建立自己的PDB文件数据库.
