DNA分子标记、基因组作图及其在植物遗传育种上的应用(2) （z'z）
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DNA分子标记、基因组作图及其在植物遗传育种上的应用(2)
发布日期：2003-2-16 22:17:00 作者： 出处：中国农网
b SPARs(Single Primer Amplication Reactions)标记 通过采用基于微卫星或简单重复序列(SSR)的单一引物来扩增SSR之间的DNA序列(Gupta等，1994)。在二碱基，三碱基，四碱基和五碱基的简单重复顺序中，以四碱基的简单重复顺序最为有效。这些标记大多数散布于DNA序列中，它们多为显性表现，但也有些为共显性表现。
c SSR—锚定PCR(SSR—anchored PCR)标记 该标记是以二碱基简单重复序列，特别是CA，为引物来扩增产生的，锚定碱基为引物3’或5’端的2～4个碱基。所扩增的Inter-SSR区域的多个条带通过聚丙烯酰胺凝胶电泳得以分辨，这些扩增带多为显性表现。
②3’端具有选择性的双引物PCR标记
AFLPs(Amplified Fragment Length Polymorphisms)标记 其原理是选择性扩增基因组DNA的双酶切片段(Zabeau等，1993)，它实际上是RFLPs与PCR相结合的产物，既有RFLPs的可靠性，也有RAPDs的灵敏性。该标记系统通过少量的引物扩增产生了数量丰富的带型标记，并且分辨率高，是一种十分理想和有效的遗传标记。
③基于特异双引物PCR的标记
真核生物基因组中的小卫星和微卫星DNA具有丰富的多态性，依据这些DNA序列设计双引物进行PCR扩增会产生新的遗传标记。这包括AMP-FLPs(Amplified-Fragment Length Polymorphisms)(Fregeau等，1993)，STRs(Short Tandem Repeats)(Fregeau等，1993)和SSRs(Simple Sequence Repeats) (Rafalski等，1993)。
序列标志位点(Sequence-tagged sites,STSs)标记，根据单拷贝的DNA片段两端的序列设计一对特异引物扩增基因组DNA，产生的一段长度为几百bp的特异序列在基因组中往往只出现一次，从而能够界定基因组的特异位点(Dlso, 1989)。在人类基因组作图中已用其作为将遗传图谱与物理图谱整合的共同位标(Schuler等，1996)，这在基因组作图上具有非常重要的作用。
CAPs(Cleaved Amplified Polymorphic Sequences)的标记(Koniecyzn等，1993；Jarvis等，1994)，揭示的是特异PCR片段的限制性长度变异的信息，特异引物序列源自基因数据库、基因组或cDNA克隆以及已克隆的RAPD条带等。
2 基因组作图研究
基因组图谱包括以染色体重组交换为基础的遗传图谱(Genetic map)和以DNA的核苷酸序列为基础的物理图谱(Physical map)。
2.1 遗传图谱
所有用遗传标记构建遗传连锁图的基本原理都是相同的。两点测验和三点测验是其基本程序，连锁的基本检测建立在对分离的成对基因座位的重组进行统计学评价的基础之上。由于作图群体的不断增大和标记数量的日益扩增，如今的图谱构建已不得不计算机化了。图谱构建过程主要包括：1)选择建立适合的作图群体；2)确立连锁群；3)基因排序和遗传距离的确定。
2.1.1 经典遗传图谱
长久以来，各种生物的遗传图谱几乎都是根据诸如形态、生理和生化常规标记来构建的。这些遗传标记的数量在用来构成作图群体的一对亲本材料中极为有限，因此，经典遗传图谱的发展极为缓慢。过去几十年中，所建成的遗传图谱仅限少数种类的生物，而且图谱分辨率大都很低，表现标记少，图距大，饱和度低，因而应用价值有限。
发布日期：2003-2-16 22:17:00 作者： 出处：中国农网
b SPARs(Single Primer Amplication Reactions)标记 通过采用基于微卫星或简单重复序列(SSR)的单一引物来扩增SSR之间的DNA序列(Gupta等，1994)。在二碱基，三碱基，四碱基和五碱基的简单重复顺序中，以四碱基的简单重复顺序最为有效。这些标记大多数散布于DNA序列中，它们多为显性表现，但也有些为共显性表现。
c SSR—锚定PCR(SSR—anchored PCR)标记 该标记是以二碱基简单重复序列，特别是CA，为引物来扩增产生的，锚定碱基为引物3’或5’端的2～4个碱基。所扩增的Inter-SSR区域的多个条带通过聚丙烯酰胺凝胶电泳得以分辨，这些扩增带多为显性表现。
②3’端具有选择性的双引物PCR标记
AFLPs(Amplified Fragment Length Polymorphisms)标记 其原理是选择性扩增基因组DNA的双酶切片段(Zabeau等，1993)，它实际上是RFLPs与PCR相结合的产物，既有RFLPs的可靠性，也有RAPDs的灵敏性。该标记系统通过少量的引物扩增产生了数量丰富的带型标记，并且分辨率高，是一种十分理想和有效的遗传标记。
③基于特异双引物PCR的标记
真核生物基因组中的小卫星和微卫星DNA具有丰富的多态性，依据这些DNA序列设计双引物进行PCR扩增会产生新的遗传标记。这包括AMP-FLPs(Amplified-Fragment Length Polymorphisms)(Fregeau等，1993)，STRs(Short Tandem Repeats)(Fregeau等，1993)和SSRs(Simple Sequence Repeats) (Rafalski等，1993)。
序列标志位点(Sequence-tagged sites,STSs)标记，根据单拷贝的DNA片段两端的序列设计一对特异引物扩增基因组DNA，产生的一段长度为几百bp的特异序列在基因组中往往只出现一次，从而能够界定基因组的特异位点(Dlso, 1989)。在人类基因组作图中已用其作为将遗传图谱与物理图谱整合的共同位标(Schuler等，1996)，这在基因组作图上具有非常重要的作用。
CAPs(Cleaved Amplified Polymorphic Sequences)的标记(Koniecyzn等，1993；Jarvis等，1994)，揭示的是特异PCR片段的限制性长度变异的信息，特异引物序列源自基因数据库、基因组或cDNA克隆以及已克隆的RAPD条带等。
2 基因组作图研究
基因组图谱包括以染色体重组交换为基础的遗传图谱(Genetic map)和以DNA的核苷酸序列为基础的物理图谱(Physical map)。
2.1 遗传图谱
所有用遗传标记构建遗传连锁图的基本原理都是相同的。两点测验和三点测验是其基本程序，连锁的基本检测建立在对分离的成对基因座位的重组进行统计学评价的基础之上。由于作图群体的不断增大和标记数量的日益扩增，如今的图谱构建已不得不计算机化了。图谱构建过程主要包括：1)选择建立适合的作图群体；2)确立连锁群；3)基因排序和遗传距离的确定。
2.1.1 经典遗传图谱
长久以来，各种生物的遗传图谱几乎都是根据诸如形态、生理和生化常规标记来构建的。这些遗传标记的数量在用来构成作图群体的一对亲本材料中极为有限，因此，经典遗传图谱的发展极为缓慢。过去几十年中，所建成的遗传图谱仅限少数种类的生物，而且图谱分辨率大都很低，表现标记少，图距大，饱和度低，因而应用价值有限。
