请教有关测序的问题

我刚从生工测序回来，样品基因片段是用PCR扩增出来，约2.1Kb。扩增片段两端的酶切位点为Nhe1和Xho1，扩增这个片段的引物是这样：
Ck-fullNX-F: 5' GTG CTA GCC ATG AAC AAT CCA TGG TC 3'
Ck-fullNX-R: 5' GCG CCT CGA GCT ACA GAG ACT TAA AG 3'

接在pcDNA3.1(+)的 Nhe1和Xho1之间。连接克隆后经酶切和PCR验证都完全正确。利用pcDNA3.1(+)的T7 promoter primer 和BGH引物从两端测序，现在我姑且将T7 promoter primer 的这一端定为上游，将BGH的这一端定义为下游。

从回来的测序结果中能够找到下游的测序引物和PCR扩增这个片段的引物，可是无论如何找不到上游的载体序列和PCR引物。

测序结果如下：
TCCATGGTCCAACTCCAGCTCAGCTTTTGGATGTCCCATTCAGATCCCAAAGCAGAATAGTAATGTACCACCTTCCTTACCAGTACCTGTAGGAGTTTTTGGGGTGCCTCTGCCATTAGGCTGCAGCAATCAGATGGCTTTCTGTGCACCAGAACTGACTGACAGAAAGCCTGAGCATGAGCAGAAAGTGTCCAAGAGGCTGAATGACAGAGAAGAGGACAAGGATGAGGCAGCAGCATGCAGCTTGGACAACCAATATGACAGAAAGATCCGACCTTGCATTGATCTTGTTGACAGCCTGAGAAAGCTTGATATAGGAAACGACCTGATGTTGCCTGCAATCGCAGTGATTGGAGACCGGAACTCTGGGAAAAGCTCTGTCCTTGAAGCTTTGTCTGGTGTTGCTCTTCCTAGGGACAAAGGTGTCATTACTCGCTGTCCTCTGGAACTTAAACTGAAAAAAATGACAGCTCCGCAGGAATGGAAAGGGGTAATTTATTACCGCAACACAGAAATACAGCTCCAGAATGCATCAGAGGTGAAGAAAGCAATAAGAAAAGCCCAAGATATAGTGGCTGGCACTAATGGTAGCATTAGTGGAGAACTAATTTCCCTTGAAATCTGGTCTCCTGACGTCCCAGACCTGACACTAATTGATCTTCCTGGAATTGCCAGAGAGGCCGTGGGCAACCAGCCACAAGATAATGGCCAACAGATCAAAACACTACTTAAAAAATATATTGGCTGCAAAGAGACAATCATTGTGGTAGTGGTACCATGTAATGTGGATATTGCAACAACAGAAGCGCTGAAAATGGCTCAAGAGGTGGATCCCACAGGAGAAAGGACGCTTGGGGTCCTCACTAAACCAGACCTAGTGAACGAAGGAACTGAGGAGACTGTCCTTAAGATAGTACAAAACGAGGTCATCCCACTCAGAAAAGGTTATATGATTGTGAAATGTTATGGGCAAATGGACTTCTGCAACGAATTGTCCTTCACCTCCACAATCCAGCAAGAGAGAGAATTCTTTGAGACTCACAAACATTTCAGCACTCTTCTGGATGAAAATAAGGCTACTATCCCACATCTGGCAAATAAGCTTACAGATGAACTTGTGGGACGTATTATTAAAACTTTGCCTGCAATAGAGAAGCAAGTACATGATGCACTGCAACAAGCAAAGAAGGAACTACAAAAGTACACACAAAGCACACACCCAACTGTCAGCGATAAGACGATTTTCCTTGTGGGGTTGATCAAAGCGTTTAATGAAGACATCTCTCAGACAATGCATGGAAAGGAATCCTGGTTTGGAAACGAAATCAGACTGTTTCCAAAAATCCGCAGAGAGTTTCGGACATGGGGAGTAAAGCTCCTGGAGAGCTCTGCCAAAGTTGAAGAAATCGTATGCAGTAAATTGCCCAAATATGAAGACCAGTACCGCGGACGGGAGTTCCCAGACTTTATCAGCTACTGGACATTTGAGGACATTATAAAAGAGCAAATTACGAAGCTGGAGGAGCCAGCTGTTGCGATGCTGAACAAAGTGATCTATATGGTTGAAGAGAAATTTTTGCAGCTGGCTAACAAGCGTTTTGCTAATTTTCGGAACTTAAACAACGCTGCTCAGGCCAGAATTGGTTGCATTAGTGACAGACAAGCAACGACTGCGAAAAATTGCATCCTGACTCAATTTAAAATGGAGAGAATTATATACTGCCAGGATAACATCTACACAGATGATTTAAAAGCTGCCAGGGCAGAAGGCATCAGCAAAGATACAAAAATCAAAGACCTTGCTTTTGGATGTGCTTCACGTCAATGTCCCAGCTTTGCCCTGGAAATGGTTTCTCACGTAAAGGCCTATTTCACTGGAGCAAATAAACGCCTGAGCAATCAGATTCCTCTGATCATCCTCTCTACTGTCCTTCATGACTTTGGAAATTATTTGCAGACCTCAATGTTGCATCTCTTGCAAGGAAAAGAAGAAATAAACTATTTACTCCAGGAAGATCATGAAGCTGCTAACCAGCAGAAGTTACTGACCAGCAGAATTAGTCACCTCAACAAAGCCTACCAATACCTGGTAGACTTTAAGTCTCTGTAGCTCGAGTCTAGAGGGCCCGTTTAAACCCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAG

标为红色的为我PCR扩增该片段的下游引物位点（注：因为是下游引物，所以从序列上是引物的反向的互补），红色后面的是载体序列，这说明下游的测序结果是完全正确的。可是从上游的第一个测序反应结果中怎么也找不到我PCR扩增该测序片段的上游引物，也找不到载体的序列。
那么我可不可以就认定他们的第一个测序反应有误呢？

与生工测序部的人说明这一情况，我不知道他们是怎么回事，也不明白我的意思，看他们是怎么回复的：“Ck-fullNX-R: 5' GCG CCT CGA GCT ACA GAG ACT TAA AG 3'在31-PN54.2(CKMX)BGH的56-81bp,只是序列上有些出入,您的这个克隆估计是非特异条带克隆的结果,建议您重新挑一个克隆送样测序 ....” 我都已经告诉他们了，下游引物在测回的序列上找到了，序列上也没有什么出入，因为引物5‘末端接上了酶切位点，片段扩增出来后酶切连接到载体上的，酶切位点Xho1(CTCGAG)是在的，酶切位点后的保护碱基被切掉了，所以下游的31-PN54.2(CKMX)BGH反应结果是完全正确的。那么我先不论我的片段是否是非特异的扩增，既使是非特异的扩增，既然我克隆后酶切、PCR验证都正确，在序列上至少应该找到酶切位点 Nhe1 (GCTAGC）序列和载体序列吧。

我现在要求他们将以T7 promoter primer 为测序引物的第一个测序反应重测，我这样的要求应该是合理的吧？

我感觉生工的服务真的是有点问题，问题EMAIL反馈给他们后，也没人回，打电话过去后，说：“我查查”。然后又要我重发EMAIL。现在他们说上海停电，这个星期不上班，真让我抓狂，大半个月过去了，要不是为了省事我都自己买试剂盒来测了。

还请有经验的兄弟帮我看看这个测序结果，是不是应该认定测序公司测序结果有问题。我又该怎么应对这样的情况呢？
我很急，多谢啦！