【原创】单核苷酸多态性（SNP）检测技术分类与应用

大家都对单核苷酸多态性（SNP）不陌生了，学理学生物的、学医学的、学农学的对此都算是有了一定的了解，这玩意在我的概念中就是检测碱基的变化状况而已（似乎太白话了），虽然只是检测，但是检测方法却是多种多样，如何选择合适的检测方法对整个实验来说确实是个重要的问题，选择无外乎三样：时间、钱、文章档次。
目前来说，SNP检测应用比较多而且真正实用的，用来发文章的有测序、限制性片段长度多态性（RFLP）检测、质谱检测、Taqman检测、基因芯片检测。
基因测序基本上每个实验室都会用到，除非是NB到一定程度的实验室，一般都是送到生物公司去测，价格一般也就是生工的那个价格了，大家都熟悉，但是SNP检测是检测位点的，样本不必重复检测，每个样本检测做一个反应就行了。如果样本在1000个以上，每个样本检测7个以上的位点，那测序还是非常不错的选择，价格适中，结果准确，时间也只要一两周；当然，缺点就是后期的数据分析，这个问题会让人痛苦不堪，尤其是没有统计学基础的，还是要好好想想。
限制性片段长度多态性（RFLP）检测，这个在国内的杂志上可是个熟面孔，本身所需的实验条件简单，每个实验室都可以开展，酶切所需的成本也相当的低，做二三十个样本，每个样本两三个位点，1000块钱就搞定，反正老板手里面有大量的免费劳力，撅着屁股做上两个月，这试验结果还不跟玩似的就出来了，结果好的还可以拿去做个测序验证下，此方法不适用样本量大位点多的，那个所需时间过于漫长，当然对于没人研究的冷门，用着还是不错的，反正时间和劳动力都是大把的，还便宜，当然有时候酶还是会浪费很多的，这个也没办法，我想大部分的实验室都是这个情况吧。
质谱检测适用性广泛，尤其是因为准确率是目前所有方法中最高的，也被很多SCI杂志编辑作为推荐方法告知给一些投稿者。1000个以下的样本一般两周就能完成，每个样本的检测位点数从十几个到几十个再到几百个都是可以的，相对来说是非常灵活了，至于什么位点查找引物设计之类，公司里面都是帮助完成，工作量倒是大大降低了，大家要做的的就是确认要做的位点没什么问题就行了。至于价格，还是那句老话，量大从优，500个样本，每个样本20~30个位点的话，一般来说每个位点4块多点吧。后期的统计分析什么的，自然有人帮你免费做了，关键还在于前期设计，设计好了实验目的达到了，就看数据是不是达到预期了。
Taqman就是用荧光定量PCR的方法了，这个灵敏度还是很高的，比质谱当然会差一些，探针的匹配总有误差的，但是实验仪器比较普遍，自己就能做。不同的是，公司里面做和自己在实验室做差距还是很大的，量大的情况下因为实验室毕竟不是流水线作业，成本、准确性、重复性都没有人家公司做的那么好，还有就是探针设计和仪器匹配的问题，一般来说，做这个的机器最好是ABI的，因为探针一般也都是ABI合成的，再加上ABI的酶什么的，配合起来实验才能真正流畅，不然的话摸条件就要浪费掉很多。至于后期的数据处理，公司做的公司会帮忙处理，实验室自己做的就得自己处理了，这个方法对样本在1000以上，每个样本位点在10左右的价格还是不错的，和质谱差不了多少，但是位点多了就不划算了。
基因芯片是目前通量最高的检测方法了，对于超大数量的样本检测有着绝对的优势，从准确性来讲，和Taqman是一样的，都是核酸杂交，目前市场上有通用性的芯片可以应用，但是作为科研来说，大多数的芯片还是需要定做的，不过这个定做的花费和时间与检测过程比起来就不算什么了，当样本数量达到几万位点数几百个的时候，基因芯片检测每个位点的成本也就零点几元了，如果不是钱多到天天做基因芯片实验的情况下，买服务还是要比买设备自己做强多了，一是设备能不能买还是个问题，二是买来了实验的熟练度也很让人困扰，不过设备自带的软件处理数据还是挺快的。
现在的实验越来越讲效率，尤其是那些资源有限的发现，一下不注意就被人家抢先了，所以写个东西大家随便看看，选择下合适自己的，省得费时费力这了那了的。