【求助】烟叶表面微生物总DNA我死活提不出来...暴走...
丁香园论坛
2013
样品是经过陈化的烟叶,比较干燥的,其表面有一定量的微生物,我需要提取这些微生物的总DNA
经过buffer浸泡和摇1h左右,得到烟叶浸出液,然后双层纱布过滤,离心收集沉淀,进行常规的细菌基因组提取步骤
就是裂解、抽提什么的,大致上按照文献所述。但是我死活提取不出来,nanodrop只有很低的浓度,跑电泳没有完整的条带。
我的下一步是要扩增16s的,有一两次有基因组条带,但是PCR也没有出来。
试剂盒公司说用叫纯化试剂盒就可以纯化基因组了,我试了,但是结果还是没有PCR出来。
之前想买个试剂盒,但是试剂和公司的人说他们之前试过提取这个样品,也没有成功。
我崩溃了!老板说让我用乙醇沉淀的方法纯化,别用试剂盒了。好吧!但是我现在连完整的基因组都没有啊~
估计是富集得不够多,浸出液离心得到的沉淀也是杂质居多,我用过滤的方法,中速滤纸,去掉部分杂质,再离心,
提取得到有一点点条带,但是很弱,PCR也没有出来,想纯化一下,估计纯化之后就没有了。
我好崩溃!...老板说这个星期有就要往下做,没也要往下做...鸭梨啊!!
各位有没有什么好主意?有人做过这个吗?求助~
经过buffer浸泡和摇1h左右,得到烟叶浸出液,然后双层纱布过滤,离心收集沉淀,进行常规的细菌基因组提取步骤
就是裂解、抽提什么的,大致上按照文献所述。但是我死活提取不出来,nanodrop只有很低的浓度,跑电泳没有完整的条带。
我的下一步是要扩增16s的,有一两次有基因组条带,但是PCR也没有出来。
试剂盒公司说用叫纯化试剂盒就可以纯化基因组了,我试了,但是结果还是没有PCR出来。
之前想买个试剂盒,但是试剂和公司的人说他们之前试过提取这个样品,也没有成功。
我崩溃了!老板说让我用乙醇沉淀的方法纯化,别用试剂盒了。好吧!但是我现在连完整的基因组都没有啊~
估计是富集得不够多,浸出液离心得到的沉淀也是杂质居多,我用过滤的方法,中速滤纸,去掉部分杂质,再离心,
提取得到有一点点条带,但是很弱,PCR也没有出来,想纯化一下,估计纯化之后就没有了。
我好崩溃!...老板说这个星期有就要往下做,没也要往下做...鸭梨啊!!
各位有没有什么好主意?有人做过这个吗?求助~
救救我!....
有没有人啊??~~555
你是不是首先要富集培养一下这些微生物?
dnazyme wrote:
你是不是首先要富集培养一下这些微生物?
是的,我看文献的富集过程就是烟叶+水,210rpm 27℃ 20min。但是我尝试了一下,没有成功也。也有缓冲液+烟叶 超声波处理10min,但是超声波具体频率什么的 仪器什么的,都没有说。
文献轻描淡写...
我说的富集,重点指用适宜的培养基培养.让微生物数量多些,再进行分析.
dnazyme wrote:
我说的富集,重点指用适宜的培养基培养.让微生物数量多些,再进行分析.
哦 是这样的,我想鉴定未经培养的样品的微生物多样性 所以没有培养富集 如果想多点 只能增加样品量了。悲催
可不可以直接裂解--离心--PCR ? 抽提过程损失太大 总量又很少!
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