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【讨论】关于miRNA定量PCR时引物的一些迷惑,希望高手来指点

丁香园论坛

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在看文献是发现这些问题:
miR-23a RT GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGACggaaat
PCR sense GCGatcacattgccaggg
The same antisense primer was used for all miRNA PCR : GTGCAGGGTCCGAGGT
(问题,1所有的miRNA序列可以用同一个反义序列吗?
问题2:这里的正义和反义引物是不是就是其他文章中提及的forward和reverse)
问题3,有些文章中只有forward,和reverse引物,未见反转录引物列出,是作者漏掉了,还是根本不需要反转录引物?上述问题希望高手来指点一二。越详细越好,衷心感谢
还有一个问题,对于不同的物种,如鼠源的与人源的miRNA分子的荧光定量PCR及反转录引物是不是不同啊,可以通用吗?
你先了解一下miRNA定量的原理就知道了。
他是一个茎环引物,用于逆转录,这个是特异性的,不同来源是不一样的。
然后做扩增时,一段是特异性的forward引物,另一段是一样的revearse引物,与茎环正好match。
所以针对你的问题
1.所有反义引物可以相同(主要看你用的是什么茎环)
2.是的
3.反转录引物有可能是作者不愿意透露,或者他自己根本不知道。很多公司是不透露序列的。知道序列后,可以自己直接去合成,但如果不做成茎环,可能效果会稍差些。
能否问下人的反转录引物中茎环序列是什么?反转录温度是多少?
非常感谢,学习了
不同的来源指的是不同的物种?还是有多种可以选择的茎环,能否详细说明,或者给相关资料查看,谢谢
leileicui wrote:
能否问下人的反转录引物中茎环序列是什么?反转录温度是多少?
非常感谢,学习了

这种问题仍然回答不了。
人的miRNA有几百种,每一种都特异性的。
又不像mRNA那样,可以用随机引物或oligodT直接逆转的。
http://www.mirbase.org/index.shtml,你在这个网站查下你所需要的miRNA序列,就可以看到颈环结构的序列了,反转录温度应该考虑的因素应该很多,比如引物序列等。你可以加QQ1095801973.我们讨论下
再次请教,miRNA定量PCR时,内参需要单独设计反转录引物吗?
一般逆转录试剂有通用RT引物,pcr的反向引物也有通用的,但正向引物则是特异性的,需要设计。可否告诉我一下你问题中涉及的文献。

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