【求助】转录调控的问题请教

本人最近正在做：一个蛋白A是否可以与一个基因B的启动子区域结合，并且上调B启动子的活性。
现在的问题是A蛋白经验证是存在于细胞内（胞浆及胞核）的一种蛋白，那么我在研究A蛋白是否可以结合到B的启动子区域并且增强B启动子的活性的时候，是否需要外源性转染构建的携有A的真核表达载体？还是说选用一个天然不表达A蛋白的细胞，然后再外源性转染携有A的真核表达载体？还是说细胞本身就表达A蛋白，这个时候就不需要外源性转染携有A的真核表达载体，只转染B的启动子，测荧光素酶的活性？

有内源蛋白，你还是可以用荧光素方法，具体是转染带有B promotor的reportor construct，比较共转染protein A与否时是否reportor水平有变化。
必须构建外源A表达载体，这样才能改变A的含量。
当然你也可以作A的RNAi，比较区别，不过RNAi比做个A的construct一般要难些。

这样三个实验组，逻辑上就可以了：
1、野生细胞，B活性正常。
2、突变了内源A的细胞，B活性下调。
3、突变了内源A但是又转染了外源A的细胞，B活性恢复。
在3当中，如果能够即时控制外源A的表达，比如温度敏感型表达载体，那就更好了，可以做时间曲线。

感谢！楼上所说的突变内源A，是不是指把B promoter上的A的结合位点给突变掉？

楼上的想法确实很不错，但是实际操作中，我想大多数人一般就是转染A的表达质粒和B的启动子质粒，然后在几个不同的细胞系尝试，可以是表达或者不表达内源性A的都行，在此基础上还可以做剂量依赖性等等。但是个人的一点想法，报告基因的方法还是不是很可靠，用来丰富你的实验数据还可以，完全靠它说明问题就有点单薄，有条件的话可以尝试EMSA等。