【求助】判断miRNA靶基因的标准
丁香园论坛
1873
判断miRNA靶基因的标准是否有文献报道
不外乎为三种实验
1.报告基因
2. 瞬时转染miRNA mimics或inhibitor
3. 稳定转染
但是在蛋白水平上，靶基因该下降多少？miRNA mimics用量多少才出现下降，才好判断？
不外乎为三种实验
1.报告基因
2. 瞬时转染miRNA mimics或inhibitor
3. 稳定转染
但是在蛋白水平上，靶基因该下降多少？miRNA mimics用量多少才出现下降，才好判断？
主要遵循以下几个常用原则: (ⅰ) miRNA与其靶位点的互补性; (ⅱ) miRNA靶位点在不同物种之间的保守性; (ⅲ) miRNA-mRNA双链之间的热稳定性; (ⅳ) miRNA靶位点处不应有复
杂二级结构; (ⅴ) miRNA 5′端与靶基因的结合能力强于3′端.
杂二级结构; (ⅴ) miRNA 5′端与靶基因的结合能力强于3′端.
谢谢版主的解释
我的问题主要在于在具体在实验验证层次上，
1.有人用miRNA mimics达到5-100nm甚至更高，也有人10nm 就能抑制靶基因
2.抑制效率达70-80％，说明特异性很强了，如果仅仅30-40％，那算是个靶基因吗？
我的问题主要在于在具体在实验验证层次上，
1.有人用miRNA mimics达到5-100nm甚至更高，也有人10nm 就能抑制靶基因
2.抑制效率达70-80％，说明特异性很强了，如果仅仅30-40％，那算是个靶基因吗？
这个主要取决于你的实验的统计学分析以及对细胞的生物学效应影响来使用你的miRNA mimics，反正你也不用太注重一个实验的抑制效率，不管是30还是70，如果在LNA的基础上这个变化没有下降我认为就可以了。其实主要是你能把这个实验说通就行，我看好多文章也就是在30--40左右，但是对文章也没有太大的影响。
miRNA mimics用量呢？
北大有人说13nm能下降靶基因，才是真正的靶基因？
北大有人说13nm能下降靶基因，才是真正的靶基因？
吴佰霖 wrote:
miRNA mimics用量呢？
北大有人说13nm能下降靶基因，才是真正的靶基因？
用量不是跟你说清楚了吗？这个就是看你的靶基因在哪个用量下降，没有任何一个绝对值的。就连我们身体的许多蛋白质还是一个范围参考值呢？所以你的实验要靠自己摸索，不是一个人就能给你标准的protocol做下去。
吴佰霖 wrote:
miRNA mimics用量呢？
北大有人说13nm能下降靶基因，才是真正的靶基因？
对！miRNA mimics的用量不是一定的，要看基因表达丰度等多种因素，需要去调整优化了才知道！我们做siRNA也只是提供一个建议的浓度使用范围，而不可能告诉别人该用多大的浓度。要是什么都知道了，那试验就不用做了！呵呵。。。。。
miRNA mimics 的用量不是产品说明上有的吗？我用的工作浓度是20nM.还要自己摸索吗？
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