【求助】关于microRNA芯片的可靠性

　你好，我想请教一个问题。我是做大鼠物种的，选择了在文献报道与这种疾病状态相关的几十种miRNA做real timePCR,可是看别人都是先用芯片筛选，然后用real timePCR验证，我这样会不会丢失很多数据，对后面要做的功能研究会不会有影响？我是否有必要做芯片？还有芯片的重复性好不好，一般要做几次重复？哪家公司的芯片做得比较好又实惠？因为real timePCR已经花了很多钱。谢谢！

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我前一阶段刚在联川公司的microRNA芯片重复性稳定性还是比较好的

做microRNA芯片一组重复的样本至少是3张

你做几十种microRNA的realtime，是20多还是50多？钱真多。呵呵
你现在做的应该是疾病发生前后的变化。这样的数据意义不是很大，相当于你只是替人家验证了一遍。但考虑到microRNA调控的组织和时间的特异性，那么根据你的疾病 你是否可以把时间段弄细一点，然后可能的话分下不同组织。这样的数据的话从数据量上就可以保证你发表了。
根据你描述这个疾病的芯片已经做了很多了，所以你完全没必要担心丢了什么数据，总共就几百个microRNA，反反复复做了，那么相交的数据已经很可靠了，而且做了这么多芯片了，你再做不是验证下就发文章的，没后续的功能研究被拒的可能性很大很大。至于拿他们的芯片数据做后续研究是无可厚非的，不过仅仅做表达的话就要像我说的那样做得很多，甚至回溯到人身上做表达分析，要不你就要在你做的里面挑几个做后续的功能研究包括靶标的寻找。或者你看看你做的microRNA之间是否有什么联系存在，这个比较异想天开了，毕竟microRNA之间不会直接相互作用了。

上海生物芯片提供aglient的miRNA芯片服务，结果准确可靠。

如果你的钱多，就最好用PCR咯！

比起芯片来，我们的qPCR灵敏度和特异性都好很多。
芯片的假阳性会比较高，特异性是很差的，我们只要有一个碱基的差异就能够检测到；而且芯片的灵敏度会比较差，可能会漏掉好多信息，我们只需要样本里面有5个Copy的miRNA分子就能够检测到了。

有问题欢迎发邮件交流！（本人来论坛的时间较少）

没有看懂你的问题，既然人家已经证明了几十种与你要研究的疾病相关的MIRNA了，那他是怎么做出来的呢，肯定有个筛选的过程呀。
一般的研究都是新片高通量筛选，结果用REAL TIME PCR来验证，当然了，如果想发高质量的文章在用NORTHERN BLOT 来与REAL TIME PCR 相互验证，就更有说服力了。

做芯片是检测表达差异的初筛方法，有比较高的假阳性；然后还是要用定量PCR去验证芯片的结果。如果直接看文献的来做，自然可能会漏掉一些基因。不过，既然有一些潜在基因了，就不是去做定量检测了，而应该做miRNA文库来筛选我们要研究的miRNA靶基因（注意：这里说的不是miRNA调控的靶基因，不要混淆了），看这些基因是否和我们研究的功能相关。筛选到这些miRNA基因后，我们再去做定量检测、功能研究（用mimics、inhibitor和Antagomir）、甚至机制的深入探讨！你能够做到功能研究就能发非常好的文章了！呵呵。。。。。。

有相关问题或需要相关参考资料欢迎发邮件交流！（本人一般较忙，很少来论坛）我可以向大家提供一些比较系统的miRNA、siRNA研究参考资料和参考文献！邮件联系如果可以的话可以简单介绍一下试验思路或想法，这样我可以提供更有针对性的资料！ 邮件地址见下面的签名！