如何查找质粒图谱

方法一：使用Vector NT 软件

做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，invitrogen公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音，要想对质粒图谱了解更直观，安装这款软件是非常必要的。这款软件的软件包里面会包括invitrogen公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱。

方法二：查找质粒图谱的网站

1. Vector Database（addgene）

这个网站很页面很人性化，以前叫做lablife，现在网站做了整合，传送http://www.91bio.com/carriers-website-to-find/），比如查找pRS类质粒图谱（注意，是一类质粒图谱，没关系，照样能找到），直接在搜索框输入pRS，可以看到，之类质粒一共有三十多个。

找到自己需要的质粒名称，点击进入，就可以看到质粒图谱了。

如何得到比较好看的质粒图谱呢，看到GeneBank了吗？对，熟悉vector的童鞋们肯定知道该如何做了，对，点击进入，如下图，复制所有的代码部分，新建txt文件，粘贴上代码后，将文件扩展名由txt更改为gb格式，导入vector，你就可以在vector里面看到质粒图谱了。

因为这个网站我经常用，并且和NCBI网站的运用方式一样，以及和Vector软件的配合使用，因此讲解比较啰嗦。

2.Vector DB

此网站页面比较简陋，但分类比较直观，总结和分类都比较完整。基本包括了所有表达系统的质粒信息。

不过唯一有一点不爽的就是，这个网站竟然没有搜索栏啊，太不人性化了。那如何在那么多质粒信息中查找到我们所需要的质粒的信息呢？没关系，我们有网页字符查找功能，见红色标记部分。

方法是：网页工具栏 编辑——–在此页上查找，然后输入你的质粒名称，就可以了。比如：我们输入pRS，是不是就和搜索栏一样出现有用信息了？

点击我们需要的质粒进入下以页面，以质粒pRS303为例，如下图。有用信息除了对该质粒进行的一些描述性语言外，最重要的要算是红色标记部分了，sequence link进入是该质粒的序列。NCBI link，点击直接进入了NCBI，如何在NCBI中得到质粒图谱，下面将进行详细解释。

3. NCBI

重点介绍如何用NCBI查找质粒图谱信息。如下图，search下拉框中选中Nucleotide，搜索栏输入质粒名称，拿pRS303举例：

search后，得到搜索结果，如下图，点击右边的send to，选中file，genebank等选项，点击Create File选项，得到一个gb格式的文件，导入vector软件中，就得到了我们需要的质粒图谱了。

4. Google及Google学术

Google确实是个好东西，学生物的应该好好的学习下他的用法，虽然对于墙内有时总提示无法打开，但搜索的效率是某娘不能比的，更不要提那个小三了。

检索式子：质粒名 ＋ map

质粒名 ＋sequence ＋filetype:txt or filetype:pdf

或者：进入google，点击”图片搜索”，直接查找图谱。

5. 寒梅砺剑阁（热心生物人整理的）

6. 其他的一些核酸数据库

方法三：一些重要试剂公司网页

其实也是一些网站，因为这些网站除了得到质粒图谱等信息，还可以得到关于质粒使用方面的信息，因此单独拿出来做一个分类。现在很多质粒，特别是应用比较广泛的质粒都一些公司商业化的质粒，基本是由一个质粒你就会联想到一个公司的名字。

比如简单的，克隆载体pMD18-T，TaKaRa，有木有；pGM-T，天根，有木有；

一些表达载体，使用最广泛的，pET系列，Novagen公司（默克）的；有双MCS的Duet系列载体，Novagen的；毕赤酵母表达质粒pPIC3.5k，pPIC9k，pPICZA，pPICZaA等等，都是invitrogen的；另外一些pYES酿酒酵母表达系统，也是invitrogen的，因此知道常见的质粒是哪个公司的，去他们公司网站上肯定可以找到该质粒的相关信息。

在他们公司主页搜索栏直接搜索质粒名称，得到质粒序列，图谱什么的都不成问题，而且可以下到表达系统操作手册，原核表达看完pET表达系统操作手册，真核系统看完毕赤酵母表达系统。

方法四：如何查找经过改造过的质粒的质粒图谱

有些质粒是经过改造的，所以通过上述方法不能查询到相应信息。这时，可以在google scholar中输入质粒名称，可以直观地看哪些学者在何文章中使用了该质粒，从而可了解到质粒的来源；或者籍此向作者咨询或索取。

另外介绍下如何通过文献查找经过改造的质粒的图谱信息，

Kuhlman, T. E. and E. C. Cox (2010). “☆Site-specific chromosomal integration of large synthetic constructs.” Nucleic Acids Res 38(6): e92.

这篇文献，介绍了一种大肠杆菌染色体整合的方法，文中介绍了三个质粒，是由作者自己改造了，如何查找到这三个质粒图谱了呢？

首先在PubMed中搜索到该文献，如下图。

很多人，找到文献，仅仅将文献下载下来就OK了，其实还有很多有用的信息，比如文章的supplementary，还有如上图右边的标记部分，Nucleotide，protein都是一些很重要的信息。点击右边的Nucleotide，进入如下页面，看，文中涉及到的六个质粒序列全都有，点击进入，按照方法二中，NCBI下载质粒图谱的方法就可以得到这几个质粒的图谱，当然，前提是该文章的作者已将载体信息上传了NCBI。

方法五、论坛求助

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