【交流】如何查找rs号

如何查找SNP的rs号??

2011-07-19 11:57:58|??分类： 默认分类 |字号?订阅
原文地址：如何查找SNP的rs号作者：拥抱马来西亚
ncbi里对所有提交的snp进行分类考证之后，都会给出一个rs号，也可称作参考snp，并给出snp的具体信息，包括前后序列，位置信息，分布频率等。

如何查找rs号，可参考此贴：
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=9611445&sty=1&ticket=ST-85768-Eey5zIB6Y5gtWQfdP3xPogeMSdnp2vPTdj0-20

知道基因名称，例如血管紧张素原(angiotensinogen, AGT)基因和位点信息，如M235T，及相关的疾病，如原发性高血压，查找RS号码的方法小结：

很多同学估计都遇到过这种情况，就是说知道基因和位点的一些信息，但不知道PCR产物的全长序列和位点的具体位置，当然也没办法设计引物，有些同学采用别人的引物P，效果很不理想。如果有RS号码，当然序列就有了，但因为很多文章中并不会给出RS 号，所以只有自己查。
下面，我就我的经验，小结一下我这方面的经验。
具体步骤如下：

一，通过PUBMED或者CNKI，万方等数据库总归可以查到P这个位点的引物。

二，得到引物进入BLAST（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/），进行nucleotide blast 。
注意：正反引物都BLAST。

三，比较两引物的BLAST结果，选取结果相同的项目 ，得到PCR产物从第一个碱基到最后一个碱基在基因全长上的位置。例如：313324—313943

四，选取一个正反引物都BLAST到的合适的结果，把PCR产物两头碱基的位点数据输入，点ENTER键，即可得到PCR产物的全长。
（以下仅为举例，不是正确结果）
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?val=88952908&db=Nucleotide&from=313324&to=313943&view=gbwithparts

五，得到PCR产物全长后，进行SNP 的BLST。
进入http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
选Specialized BLAST中的Search for SNPs (snp) 。
得到N个PCR序列中的SNP位点。

六，根据文献信息(1,PCR产物酶切后各段长度信息。2，所用酶的酶切序列信息。)确定SNP 位点在PCR产物上的位置，并与SNP BLAST出来的结果比对，确定SNP，得到RS号码。

以上方法，经本人验证，屡使不爽，欢迎指教完善

也可以这样：
知道引物序列后，可以借助UCSC的In-Silico PCRhttp://www.genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?org=Human&db=hg18&hgsid=97455841，找出该引物扩增序列中包含的snp位点。下图为具体过程演示。1. 将从文献中找到的引物输入对应的框内； 2. 单击sunmit；3. 出现扩增后的PCR序列后，单击左侧的链接。出现你要的结果，从图中可以看出这段序列内包含3个SNP位点。相应的rs number分别为rs4253299、rs253373和rs278542。你可以参考其它的有关信息确定究竟那一个是你要的SNP。