丁香实验_LOGO
登录
提问
我要登录
|免费注册
点赞
收藏
wx-share
分享

手把手教你如何查找质粒图谱

生物学霸

47872

方法一:使用 Vector NT 软件

invitrogen 公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音,要想对质粒图谱了解更直观,安装这款软件是非常必要的。这款软件的软件包里面会包括 invitrogen 公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱。

方法二:查找质粒图谱的网站

1.Vector Database(addgene)

这个网站很页面很人性化,直入主题,以前叫做 lablife,现在网站做了整合,比如查找 pRS 类质粒图谱(注意,是一类质粒图谱,没关系,照样能找到),直接在搜索框输入 pRS,可以看到,之类质粒一共有三十多个。找到自己需要的质粒名称,点击进入,就可以看到质粒图谱。

2.Vector DB

此网站页面比较简陋,但分类比较直观,总结和分类都比较完整。基本包括了所有表达系统的质粒信息。

3.NCBI

重点介绍如何用 NCBI 查找质粒图谱信息。search 下拉框中选中 Nucleotide,搜索栏输入质粒名称,search 后,得到搜索结果,点击右边的 send to,选中 file,genebank 等选项,点击 Create File 选项,得到一个 gb 格式的文件,导入 vector 软件中,就得到了我们需要的质粒图谱。

4.Google 及 Google 学术

Google 确实是个好东西,学生物的应该好好的学习下他的用法,虽然对于墙内有时总提示无法打开,但搜索的效率是某娘不能比的,更不要提那个小三了。

检索式子:质粒名 + map

质粒名 +sequence +filetype:txt or filetype:pdf 或者进入 google,点击」图片搜索」,直接查找图谱。

5. 寒梅砺剑阁(热心生物人整理的)

http://yoou.bokee.com/5757561.html

6. 其他的一些核酸数据库

方法三:一些重要试剂公司网页

这些网站除了得到质粒图谱等信息,还可以得到关于质粒使用方面的信息,现在很多质粒,特别是应用比较广泛的质粒都一些公司商业化的质粒,基本是由一个质粒你就会联想到一个公司的名字。

比如简单的,克隆载体 pMD18-T,TaKaRa,有木有;pGM-T,天根,有木有;一些表达载体,使用最广泛的,pET 系列,Novagen 公司(默克)的;有双 MCS 的 Duet 系列载体,Novagen 的;毕赤酵母表达质粒 pPIC3.5k,pPIC9k,pPICZA,pPICZaA 等等,都是 invitrogen 的;另外一些 pYES 酿酒酵母表达系统,也是 invitrogen 的,因此知道常见的质粒是哪个公司的,去他们公司网站上肯定可以找到该质粒的相关信息。在他们公司主页搜索栏直接搜索质粒名称,得到质粒序列,图谱什么的都不成问题,而且可以下到表达系统操作手册,原核表达看完 pET 表达系统操作手册,真核系统看完毕赤酵母表达系统。

方法四:如何查找改造过的质粒的质粒图谱

有些质粒是经过改造的,所以通过上述方法不能查询到相应信息。这时可以在 google scholar 中输入质粒名称,可以直观地看哪些学者在何文章中使用了该质粒,从而可了解到质粒的来源;或者籍此向作者咨询或索取。

另外介绍下如何通过文献查找经过改造的质粒的图谱信息:Kuhlman, T. E. and E. C. Cox (2010). 「☆Site-specific chromosomal integration of large synthetic constructs.」 Nucleic Acids Res 38(6): e92. 这篇文献,介绍了一种大肠杆菌染色体整合的方法,文中介绍了三个质粒,是由作者自己改造了,如何查找到这三个质粒图谱了呢?

首先在 PubMed 中搜索到该文献,如下图。


很多人找到文献仅仅将文献下载下来就 OK 了,其实还有很多有用的信息,比如文章的 supplementary,还有如上图右边的标记部分,Nucleotide,protein 都是一些很重要的信息。点击右边的 Nucleotide,进入如下页面,看,文中涉及到的六个质粒序列全都有,点击进入,按照方法二中,NCBI 下载质粒图谱的方法就可以得到这几个质粒的图谱,当然,前提是该文章的作者已将载体信息上传了 NCBI。



提问
扫一扫
丁香实验小程序二维码
实验小助手
丁香实验公众号二维码
扫码领资料
反馈
TOP
打开小程序