揭示“LiCl 沉淀”背后的故事

不少的文献都说，用LiCl 沉淀RNA有很多好处，比如只沉淀RNA，不会沉淀DNA、蛋白和多糖等。但就是操作比较麻烦，比如，过夜沉淀，不能沉淀小分子RNA等。下面就LiCl 沉淀方法的误区进行探讨。

误区一：LiCl 不能沉淀小分子RNA。很多文献都说LiCl 沉淀的RNA不含小分子的5s rRNA和tRNA。但，事实是这样吗？至少在我的实验中发现LiCl 可以沉淀小分子RNA。下面的图片更能说明LiCl 可以沉淀小分子RNA。泳道1是RNA maker，泳道2、3、4是用LiCl 沉淀的RNA。当然LiCl 沉淀tRNA的效果真的不好，其原因可能是tRNA的高度二级结构。

误区二：LiCl 沉淀需要长时间和低温。不少文献上说LiCl 沉淀需要4度、－20度、甚至－80度下放置1小时、2小时、甚至过夜，其操作极其繁杂。但是，LiCl 沉淀真的需要长时间和低温吗？让我们来看看下面的数据：

Lane 2, RNA centrifutged immediately without chilling.
Lane 3, RNA chilled at -20°C for 30 minutes before centrifugation.
Lane 4, RNA incubated at 25°C for 30 minutes to test precipitation time independently of chilling.
Lane 5, RNA chilled at -20°C for 1 hour.

Lane 6, RNA incubated at 25°C for 1 hour.

图片显示放置30min后，RNA沉淀比不放置更有效（请比较泳道2和3），但是比较泳道3、4、5、6后，你会发现在－20度下沉淀与在25度下沉淀没有区别，放置30min与放置1小时沉淀没有区别。

小提示：任何事务有利便有弊，LiCl 沉淀与乙醇沉淀相比，它的沉淀效率稍低。数据显示2.5M的LiCl 的平均沉淀率是74％，而乙醇则是85％。通俗的说乙醇沉淀可以得到更多的RNA。