HRM 技术服务之突变检测
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基因突变是指由于DNA 碱基对的置换、增添或缺失而引起的基因结构的变化。基因突变在生物界中是普遍存在的,它是生物变异的主要原因,是生物进化的主要因素。但大多数基因突变对生物体是有害的,如果发生基因突变,就有可能破坏这种协调关系。绝大多数的人类遗传病如人的色肓、糖尿病、白化病等遗传病,都是突变性状,是由基因突变造成的,这些病对人类健康构成了严重威胁。
目前突变研究手段比较,大致有三大类:
一类是以荧光共振能量传递为基础的检测方法,简单的说就是以定量PCR为基础的,比如Taqman探针法、分子信标(Molecular beacon)和FRET(HybProbe),应用这一类方法时需要对突变位点背景很清楚,针对特定的突变位点设计并合成序列/位点特异性探针。
第二类是以分子杂交技术为基础的检测方法,如寡核苷酸连接分析(OLA)和动态等位基因特异性杂交(DASH),这几种方法也均涉及到序列特异性探针。
第三类是基于PCR技术与其它方法相结合的检测方法,如变性-高效液相色谱(DHPLC)、SSCP(单链构象多态性)、DGGE(变性梯度凝胶电泳)、测序、Pyrosequencing和Ecotilling、芯片等技术,这几种方法在PCR扩增的基础上对产物过柱分析,或电泳分析,无需合成序列特异性探针,不受位点的局限,可对已知和未知突变进行操作。
但DHPLC仪器昂贵,使用成本高,SSCP和DGGE通量相对较小、操作繁琐、成本高、速度慢;测序是所有突变检测的金标准,但测序的成本相当可观;Pyrosequencing技术的突出优势在于Pooling,适用于大规模的等位基因频率分析,但需要特殊的仪器,硬件成本高;Ecotilling是一种在目标区段内筛查SNP的高通量、低成本的方法,但由于需要合成特定的红外引物,所以在样本量少、研究区段多的情况下就无法体现其优势。
为真公司创新使用基于罗氏LightCycler 480的基因突变-HRM检测技术。其特点为:高通量、简单、快速、省钱、高灵敏度;闭管检测,避免污染造成的假阳性;灵敏度和精确度达到近100%;HRM分析和PCR是在同时进行,减少了额外仪器,无疑成本更低,特异性和精确度更好。
作为新一代的遗传扫描工具,HRM具有“简、效、快、廉”等其它技术难以比拟的优势:
♦ 简:无需序列特异性探针,不受碱基位点局限,同时检出已知或未知突变、SNP和甲基化位点;闭管操作,避免交叉污染。
♦ 效:最低检测0.1%-0.01%的突变或异常甲基化,检测SNP灵敏度和特异性均为100%。
♦ 快:1次同时检测不多于384个样本,在60-90分钟内完成检测。
♦ 廉:简化操作步骤、降低人工和试剂成本,费用远少于测序、Taqman探针等方法。
HRM技术特别适用于样本量多、检测位点较少的SNP、突变或甲基化分析,是不同于基因芯片检测方法(检测位点多,样本少)的高通量方法。同时,也是基因芯片筛选后的多个基因在更多标本中验证的最佳方法。
突变-HRM 检测技术原理:
在一定的温度范围内将PCR 扩增的产物进行变性,期间实时检测体系内荧光信号。荧光值随着温度变化,可绘制溶解曲线。每一段DNA 都有其独特的序列,因而也就有了独特的熔解曲线形状,如同DNA 指纹图谱一样,具有很高的特异性、稳定性和重复性。根据曲线准确区分野生型和突变型基因。
不同的基因型表现为不同的HRM 熔解曲线形状
我们的服务:
► 免费的项目咨询
► 客户提供样本DNA的分离、纯化(可有为真公司代为提取)
► 根据客户提供相关信息进行引物设计、方案设计
► 处理DNA并运用HRM技术获得特异溶解曲线
► 结果分析,出具实验报告,为临床用药提供依据
苏州为真生物在基因突变分析和研究方面积累了丰富的经验,拥有开展突变研究的先进仪器设备,具有自己独到的研究策略和方法,能有效挖掘资源,能为你高效快速的进行突变位点检测