HRM技术服务之SNP检测
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单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs),指单个核苷酸碱基的改变,包括置换、颠换、缺失和插入,导致的核酸序列的多态性。在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中,绝大多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象,这就是SNP。SNP在人类基因组中数量较多,发生频率较高,因此被认为是继微卫星之后的新一代遗传学标记。
HRM检测SNP技术是依据在一定的温度范围内将PCR扩增的产物进行变性,期间实时检测体系内荧光信号。荧光值随着温度变化,可绘制溶解曲线。每一段DNA都有其独特的序列,因而也就有了独特的熔解曲线形状,如同DNA指纹图谱一样,具有很高的特异性、稳定性和重复性。根据曲线准确区分野生型纯合子、杂合子和突变性纯合子(下图)。
检测SNP的方法有很多种。成本较低、通量较大的方法大都局限于已知、特定位点,如Taqman探针法。既要对已知位点分析又要查找未知位点,一般采用PCR+测序的方法,成本高、操作繁复较低。
作为新一代的遗传扫描工具,HRM技术是一种低成本、高通量、快速,且不受位点局限的检测方法,是SNP筛查的最佳选择。其具有"简、效、快、廉"等其他技术难以比拟的优势:
简:无需序列特异性探针,不受碱基位点局限,同时检出已知或未知突变、SNP和甲基化位点:闭管操作,避免交叉污染。
效:最低检测0.1%-0,01%的突变或异常甲基化检测SNP灵敏度和特异性均为100%。
快:1次同时不多于384个样本,在60-90分钟内完成检测。
廉:简化操作步骤、降低人工和试剂成本,费用远少于测序、Taqman探针等方法。
HRM技术特别适用于样本量多、检测位点较少的SNP、突变或甲基化分析,是不同于基因芯片检测方法(检测位点多,样本少)的高通量方法。同时,也是基因芯片筛选后的多个基因在更多标本中验证的最佳方法。
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