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NCBI使用方法之二:如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列

丁香园

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1、进入NCBI主页

在search后面选择Gene,在for后面填写需要查找的基因的名字。

点击“Go”,

出现了很多基因序列,在每个序列的右边还有“Order cDNA clone” 的链接,这些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的,有些是别名(Other Aliases)与你的目的基因一致,根据每个序列的介绍认真选择你的目的基因。上图中我需要的IL6是标号为2的序列。

2.1、查找cDNA序列

2.1.1、点击Order cDNA clone, 出现目的页面如图所示:

2.1.2、点击Clone Sequence后面的链接即可得到cDNA序列。点击后如图所示(只抓取其中一部分):

2.2、查找mRNA、蛋白序列

回到步骤1点击“Go”之后出现的页面,点击目的基因的名字,出现以下页面(只抓取相关部分):

页面的下半部分,即可以获取mRNA和蛋白序列的部分:

找到“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”,它分为几个板块,第一个“mRNA and ProteinMoon”区可以让我们找到连续的编码mRNA序列和蛋白序列。在mRNA and ProteinMoon下面有两个序列代码(中间划有一个箭头),这代表了mRNA序列和蛋白序列。分别点击就可以得到相应的序列页面。点击后如图所示,mRNA序列:

蛋白序列如下:

NCBI Reference Sequences (RefSeq)的第二个板块是Reference assembly,它下面显示的是Genomic ,点击Genomic下面Reference assembly对应的Genbank或FASTA即可出现编码的DNA序列(注意:只是编码序列,其中包括内含子,但一般没有5‘非编码区)。这一步就不做贴图演示了吧,呵呵。

这样我们就可以找到基因的cDNA序列、连续的编码mRNA序列、蛋白序列以及含有内含子的编码DNA序列了。相信这些操作对很多战友还是有用的。

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