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琼脂糖凝胶电泳检测DNA

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目的: 学习水平式琼脂糖凝胶电泳,检测质粒DNA的构型、分子量的大小。

原理: 琼脂糖是从海藻中提取出来的一种线状高聚物,可作为电泳支持物,适用于分离大小范围在0.2-50kb的DNA片段。DNA分子的迁移率与分子量的对数值成反比关系。观察其迁移距离,与标准DNA片段进行对照,就可获知该样品分子量大小。在质粒抽提过程中,由于各种因素的影响,使质粒DNA呈现超螺旋的共价闭合环状、开环状分子、线状分子三种不同的构型,这三种分子有不同的迁移率。在一般情况下,超螺旋型迁移速度最快,其次为线状分子,最慢的为开环状分子。用荧光染料溴化乙锭(ethidium bromide, EB )进行检测,溴化乙锭嵌入碱基对之间形成荧光络合物,在紫外线激发下发出红色荧光。

仪器与主要试剂:

仪器:

1) 电泳仪

2) 水平电泳槽

3) 紫外检测仪

主要试剂:

1) 提取的质粒DNA

2) 5×TBE:54gTris; 27.5g硼酸; EDTA (0.5mol/l, pH 8.0) 20ml, 加水至1l,用前稀释10倍

3) 溴化乙锭(EB):10mg/ml溶液

4) 溴酚蓝

实验方法:

1) 称取1g琼脂糖于100ml 0.5×TBE中,加热溶解,冷却至65℃左右再加入终浓度为0.5%-1.0%的EB。

2) 电泳胶模两端用透明胶带封固,梳子至于适当位置,将冷却至65℃左右的琼脂糖溶液慢慢倒在胶模上,厚度约3㎜。静置,待胶凝固后揭去胶模两端的透明胶带,放入电泳槽内,倒入适量电泳缓冲液(一般液面高出凝胶1㎝),小心拔出梳子。

3) 将5μg提取的质粒DNA样品,与等体积溴酚蓝指示剂混匀,加入凝胶点样孔内,防止产生气泡和样品溢出。

4) 将电泳槽通电,80V恒压电泳30分钟。

5) 电泳完毕,关掉电泳仪,倒去电泳槽中的电泳缓冲液,小心取出凝胶置于紫外灯下观察结果,质粒DNA条带发出红色荧光。

注意事项:

1) 防止紫外线对人皮肤及眼睛的损伤,避免直接照射皮肤与眼睛。

2) EB是强诱变剂,有致癌性,操作时要带手套,防止污染。所有含有EB的溶液在弃置前应当进行净化处理。

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