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反应体系的建立及优化

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3114

1. SG浓度:

  终浓度1:5,000-1:100,000,一般为1:10,000—1:70,000

2. Primer浓度:

  终浓度50nM-300nM
  固定摸板浓度的梯度实验
  不加摸板的对照实验(NTC)——有无非特异信号
  熔解曲线的分析——是否单峰
  建议使用HPLC纯化的引物

3. MgCl2浓度:

  降低MgCl2浓度以减少非特异性产物
  最低可至1.5nM
  同时做梯度实验和NTC对照

4. 反应温度和时间参数:

  反应温度参考所用酶的种类
  退火温度使用温度梯度功能优化
  反应时间与常规PCR类似,扩增片断一般为200-300bp

5. TaqMan探针:

  引物、探针设计:
  首先选择探针序列
  探针的Tm值为68-70度,长度不应超过30碱基
  探针的5’端不应是G,G有可能会淬灭荧光素
  引物应尽量靠近探针,扩增片断不超过400bp,通常为80-150bp
  引物的Tm值为59-60度,长度约20碱基
  避免引物、探针之间的二级结构

委托合成公司设计

  使用辅助软件
  确定反应参数
  一般为两步法,94度10-20s
  60度30-60s (Taq酶的5’外切酶活性在60度最强)
  通过温度梯度优化退火温度
  三步法, 72度45s
  优化引物探针浓度

目标:最高的信号/背景比

  最小的Ct值
  引物浓度:50nM-900nM
  探针浓度:50nM-250nM
  通过多次实验确定各自的浓度和比例

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