反应体系的建立及优化
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1. SG浓度:
终浓度1:5,000-1:100,000,一般为1:10,000—1:70,000
2. Primer浓度:
终浓度50nM-300nM
固定摸板浓度的梯度实验
不加摸板的对照实验(NTC)——有无非特异信号
熔解曲线的分析——是否单峰
建议使用HPLC纯化的引物
3. MgCl2浓度:
降低MgCl2浓度以减少非特异性产物
最低可至1.5nM
同时做梯度实验和NTC对照
4. 反应温度和时间参数:
反应温度参考所用酶的种类
退火温度使用温度梯度功能优化
反应时间与常规PCR类似,扩增片断一般为200-300bp
5. TaqMan探针:
引物、探针设计:
首先选择探针序列
探针的Tm值为68-70度,长度不应超过30碱基
探针的5’端不应是G,G有可能会淬灭荧光素
引物应尽量靠近探针,扩增片断不超过400bp,通常为80-150bp
引物的Tm值为59-60度,长度约20碱基
避免引物、探针之间的二级结构
委托合成公司设计
使用辅助软件
确定反应参数
一般为两步法,94度10-20s
60度30-60s (Taq酶的5’外切酶活性在60度最强)
通过温度梯度优化退火温度
三步法, 72度45s
优化引物探针浓度
目标:最高的信号/背景比
最小的Ct值
引物浓度:50nM-900nM
探针浓度:50nM-250nM
通过多次实验确定各自的浓度和比例