高通量自动化蛋白组学分析系统对人视网膜蛋白质组初步分析

目的 用2-D电泳分析和高通量自动化质谱仪进行人视网膜蛋白的分析鉴定。

方法 人视网膜组织在广东省眼库获取。基于视网膜蛋白的不同溶解度，可以用顺序提取法将不同的视网膜蛋白分离。在2-D电泳中，视网膜蛋白质按等电点（PH3～10）和分子大小被分离，部分作银色进行观察分析。

另用Colloidal Coomassie蓝进行染色，用PROTEINEER SP系统将96个大分子蛋白斑点筛选切除，PROTEINEER DP水解仪进行完全自动的蛋白质水解。用于MALDI-TOF-MS分析的样品收集在AnchorChip，并进行作质谱分析，用自动化Mascot进行数据搜索。

结果 大部分视网膜蛋白可以在Tris缓冲液（EB1）及进一步的含尿素及CHAPS（分别含量为70%和28%）的缓冲液（EB2）中溶解。只有很少视网膜蛋白可溶解在SDS缓冲液（EB4）中。在2-D电泳中分离出的蛋白质特性与在EB1及EB2中分离出的蛋白质特性相似。

很少部分的蛋白质只能经EB2萃取后经2-D电泳分离到。在机器自动化蛋白质分析鉴定中，总的成功检出率为67.8%。特别是那些有较好MS谱图的蛋白分子有着更高的检出率（>90%）。已鉴定出的蛋白质分子按其生物学特性进行分类，见大部分被检出的蛋白质属于新陈代谢相关的蛋白（>30%）。

结论 我们提取不同溶解度的人视网膜蛋白作2-D电泳分析，高通量自动化系统适用于人视网膜组织蛋白的研究。