Cas 9 技术
从细菌的免疫系统,到一个众所周知的生物技术工具;从单一的一项敲除技术,到应用领域遍地开花,Cas9 技术发展不可谓不快。到底有多快?看到 13 年 14 年那么多关于 Cas9 的 nature、science、cell,我和我的小伙伴都惊呆了!
Cas9 技术广泛用于基因功能研究,到底有多广泛?说全能,我想不过分吧。不信?那就听我说说。
研究基因功能,最常用的方法就是基因敲除、上调表达、下调表达、融合蛋白及做突变。说到基因敲除,这是 Cas9 技术老本行啊,只要把 sgRNA 和 Cas9 蛋白在细胞里一起表达,几天过后,目的基因就会被敲除得干干净净!
说到上调表达,很简单!只要这个基因在细胞基因组上存在就能办得到。只需要把 Cas9 做个小小的改动变成,使之成为丧失切割功能的 dCas9,再融合表达一个转录活性因子,在 sgRNA 的带领下结合到启动子上。
嗖!表达水平高得一塌糊涂!想下调怎么办?不用多说,融合一个转录抑制因子就好了!哦,这个技术叫 SAM(synergistic activation mediator) 哦~~
有时候,我们想知道基因产物定位怎么办?融合标签啊!怎么融合?同源重组修复能帮到你!
Cas9 引入双链 DNA 断裂,同源介导修复(HDR)就能帮你把转进细胞的同源片段插入切割位点上!如果你转入细胞的同源片段包含荧光标签,几天过后你的细胞就可以亮了!如果你转入细胞的同源片段包含点突变,duang!一个目的基因突变细胞株也就这么构建成了!
这只是 Cas9 技术的冰山一角,更多技术等待着你去了解,更更多的应用也等待着你去开发!
那么有了这些 Cas9 相关技术,我们能做哪些方面的基因功能研究呢?
从目前的研究成果来看,最奔放的莫过于传说中的“Genome-Scale”的筛选了。“Genome-Scale”怎么翻译呢?
“基因组规模”!看上去吓我一跳,常识中说,人类的 2-3 万个基因隐藏在约 30 亿个碱基对中,基因组规模筛选?!这不就是大海捞针嘛!可是人家真的就敢捞,为什么?还得归功于 sgRNA 设计合成的简便性。
2014 年,Cas9 技术的发明人张峰博士在Science 上发表了一篇文章,设计了针对 1.8 万种基因的 6.5 万种 sg RNA。用这么多的 sgRNA,张锋在肿瘤细胞和多能干细胞中筛选到了影响细胞活性的基因。最最引人注目的是他在黑色素瘤中筛选到了几种全新的 vemurafenib 耐药基因。
等等,这个全新是如何解释?全新就是以前没发现的,而以前是怎么筛的呢?当然是 shRNA 啊。张锋通过对比发现,在同样的细胞株中,用 shRNA 根本无法筛选到这几种“新的”耐药基因!
而这就是 Cas9 的价值!相比于 RNAi,Cas9 可以做到对细胞基因组的全部切除(Knockout),而不是单纯的降低(Knockdown),也就是说 Cas9 可以几乎完全敲除一个基因。
那么那些 KD 检测不到而 KO 能够检测到的基因意味着什么呢?从某种角度上看就是极少量的基因表达就可以达到其作用效果,换句话说,这样的基因往往在功能方面展现出很强的作用,而这些基因以前却一直被忽视掉。
同样是针对 NF2 的耐药功能并不能通过传统的 RNAi 方法筛选得到,而通过 Cas9 方法则发现了一片新天地
当然啦,“Genome-Scale”那是高富帅玩的,不说别的,6 万多种 sgRNA 病毒就够咱老百姓喝一壶的了。那是不是说 Cas9 就与我们无缘了?当然不是!Cas9 的天然优势,让我们不得不接触这个飞速发展的新技术。
由于它可以做到对基因的 knock out,你可以把你之前用 RNAi 做不出结果的基因翻出来,再用 Cas9 试试,兴许你就会发现你当时的 idea 是正确的!反正成本也不高……
你可以给难进行病毒感染的细胞进行 Cas9 蛋白和 sgRNA 的 transfect,因为它们只需要一点点,就能在细胞上大有作为。
你可以用它研究抑癌基因、耐药基因、致癌基因……让你成为癌症研究的佼佼者。
你可以用它研究基因在发育过程中的作用,让你明白人是怎么来的。
你可以用它做超级启动子,过表达甚至过过表达一个你想研究的基因
你可以用它做蛋白定位、基因定位、染色体定位。
你可以用它…………
有了 Cas9 技术,基因功能研究变得如此简单!想研究基因功能的你,还有什么理由拒绝这个想象速度赶不上发展速度的 Cas9 呢?
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