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RNA抽提:加入异丙醇沉淀离心后出现的油滴类似物

丁香园

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最近利用trisol(Qiagen公司)进行肝脏病理标本RNA抽提,按照试剂的说明书进行操作:取小于50mg的RNAlater(Sigma公司)保存的样本,置于1ml的trisol中匀浆;

匀浆结束后室温放置5min左右,加入200ul氯仿,以振荡器剧烈震荡15秒混匀,室温或冰上(此处各家说法不一,我自己测试好像没有发现很大差异)放置5-10min;4度,12000g离心15min,吸取上清至新的1.5ml离心管中;在上清中加入等体积(一般加500ul)的异丙醇,颠倒混匀,室温静置5-10min;

4度离心,12000g,10min;此时应该出现一小片白色沉淀,紧贴管壁,去掉上清;加入1ml 75%乙醇洗涤,再次12000g离心(此处标准protocol为7500g,但我们一般用12000g)10min;小心去掉上清,晾干后加入50ul的DEPC 水并水浴促溶。整个过程就是这样。

现在问题是:在加入异丙醇后,原先是先出现乳白色的浑浊层,在颠倒混匀后,液体又回复澄清状,而现在是颠倒混匀后不能回复澄清状态,而是呈现乳浊液,离心后,在试管底部会发现看起来类似油滴状的东西,白色或者带点黄色,其体积跟样本的量是成大概正比的关系。

只要出现了这种东西,样本产生的RNA沉淀就无法贴壁,只有对着灯光,把油状物摇散了才能够看到里面的RNA沉淀,有时还会影响沉淀的形成,只有通过多次离心才能析出沉淀,昨天做的其中有三管离心离了三次才出沉淀,加起来有45min。这种东西乙醇清洗也不能去除,洗完后体积基本不变。

如果在加DEPC水之前,不把这种东西去除掉,跑出的胶图像经常是很亮的smear,或者是三条带,在28s的上面还有一条莫名其妙的带出现,而且带形非常不好。如果用枪尽量把这种东西吸除干净的话,结果并不能改善多少。试过酚氯仿重新抽提纯化,结果是几乎没有任何的改善。

这种情况之前碰到过,当时是用新鲜小鼠肝脏做的test,在试了各种方法无效之后,更换了trisol试剂,结果立刻就理想了,当时认为是trisol过期或者变质之类的原因。但这次trisol是新近购买的,才用了三四次而已。并且是在前一天做了一次test,结果非常好,但第二天就出现这种情况了,可以保证在使用过程中,试剂没有被污染。

打电话给一些公司技术支持,回答说没有碰到类似情况,但一个同事讲,他之前也碰到类似的情况,也试过酚氯仿重抽提,但没有效果,而且后面的RT-PCR之类的后续试验都做不出结果。总之是只要看到这种东西,整个试验全都废了。

想着把这种东西吸出来送到什么地方去检测其成分,但现在还没想出什么地方可以提供这种服务。这种东西应该不是普通的油烃,密度比水跟异丙醇的溶液要大,不知是否是氯仿。

现在想请教各位达人,是否有人碰到同样情况,如何才能避免,如果避免不了是否有什么可以补救的处理手段。


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