双报告基因系统

在多重发光测试中，信号是同时产生，测试是独立进行。可以测试不同的发光动力学反应或不同的发射光波。可选择的是，反应也可以按顺序被促发，如商业化的 Promega 公司提供的 Renilla 和 Firefly 荧光素酶双报告基因试剂。双报告系统的原理如 Figure 1b.

双重分析的 BL/CL 分析采用连续的闪烁型（ Flash ）发光形式，如发光蛋白水母蛋白和 acridinium-9-carboxamide 标记。这种方法可以在一个反应管里定量两个分析物和测试两个发光反应。因为它建立在 flash 型的发光上，分析测试需要非常短的时间，所以适用于高通量的筛选。

BL/CL 双功能分子

目前已有报道，一个双功能的分子既可以作为萤火虫荧光素酶的底物，又可以作为 HRP 的底物。通过这种方法，因为不同的发光光谱，就可在同一个反应孔中可以用两个酶标记并独立测试。

通过编码 BL 酶的基因或发光蛋白基因与第二个基因（编码结合蛋白，如蛋白 A ，蛋白 G ，链霉亲和素，或生物素受体肽）形成融合蛋白可以广泛用于免疫分析或免疫印迹 。