一种新型的生物信号通路的图形建模方案
丁香园
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学科:生物信息学
2018年3月15日,发表在《nature protocals》上的一篇文章,提出了对生物学家友好的图形建模方案,该方案有助于构建详细的信号网络图,总结生物通路的组成部分(如蛋白质和生物化学物质),并说明它们是怎么相互作用的。这些图表能模仿信号通路的活动流,从而将其动态行为模型化。
亮点:与建模路径的许多数学方法不同,它不需要为模型参数化构建一系列方程或速率常数。根据模型的复杂性和信息可用性,其构建可能需要几天到几个月的时间,也可能需要几年才能完善。但是,一旦进行组装和参数化,模拟运行即使在大型模型上也只需几秒钟。
未来运用:使用这种方法构建的模型为生物信息学的知识管理、信息交换提供了一种手段。这种方法通过对其动态活动进行计算模拟,提出假设和测试,以及扰动时进行系统行为预测。