这些免疫共沉淀实战技巧，师兄师姐一定不会告诉你

最近 WB 的结果趋势不是很理想，因为给了蛋白 B 的抑制剂蛋白 B 却没有明显变化。于是大伙儿一合计，可能需要再看看蛋白质之间的相互作用，会不会是抑制剂影响了蛋白 B 和蛋白 C 之间的结合，而不是直接导致蛋白 B 的降解。

大家都知道研究蛋白质相互作用的三大经典方法是：酵母双杂交（Y2 H），免疫共沉淀（CoIP）和 GST pulldown。结合我们课题组的这个实验，因为只需看看蛋白 B 和 C 之间的结合，而且已知蛋白 B 和 C 是会结合的，所以可能用 CoIP 最简便。

那么问题来了，实验室里也没人做过 CoIP 啊，我自己也是头一回接触这个实验，心里不免瑟瑟发抖。但是探索才是科研路上最大的乐趣，这次我们就来实战演练一下，看看是如何从 0 开始做 CoIP 的。

首先我们得了解一下 CoIP 的原理，其实和 WB 一样，就是抗体抗原结合的免疫反应，只要你会 WB，就能轻松理解 IP 和 CoIP 的原理。简单来说，如果蛋白 B 和蛋白 C 结合的话，那么用抗体去结合蛋白 B 的时候，蛋白 C 就能被拉下来。

大家知道抗体的结构是一个 Y 字形，两头是 Fab 用于识别抗原，尾巴是 Fc 区域，这个 Fc 区域就能结合 Protein A 或 G。自从磁珠出现之后，CoIP 的操作就变得更加简单了，只需要用包被 Protein A 或 G 的磁珠先和抗体结合，然后用抗体磁珠复合体去结合蛋白 B，之后再用 PAGE 胶分离，用 WB 检测就 OK 了。

除了研究蛋白质相互作用，同样的原理，还可以用来研究核转录因子，有了这样的实验，必定为文章增色不少。

那么知道了原理，我们可以先在网上找几个视频看看，从视频中我们知道了 CoIP 的原理，以及做 CoIP 都需要什么，那么我们就动手准备吧。

磁力架这个东西其实很简单，如果有钱的话建议直接买 CoIP 试剂盒，一般是会送磁力架的，如果没钱那就 DIY 一个吧。

先从网上下载一个磁力架的 3D 文件，送某宝 3D 打印出来，再买点小磁铁装进去就 ok 了，下图是效果图。

然后从实验室找到一个老式的 DNA 混合仪，用热熔胶粘一块浮漂板上去，这样 EP 管混合器就搞定了。

至于磁珠，因为周围的代理商很少卖这个东西，都不甚了解，于是去丁香通看看，搜索「IP 磁珠」，正好看见第一个是金牌供应商，点击一下联系厂家，不久厂家来电，先不着急下单，可以问问这个实验相关的问题，然后问问有没有试用装，索要一点试用装先试试。

至于 ProteinA 和 G 如何选择需要看你的抗体是什么类别，有的和 A 结合能力强，有的和 G 结合能力强，比如抗体来源是 mouse IgG2b，选 A 或 G 的磁珠都可以。

过了几天，磁珠到手了，根据说明书配置了三种 pH 不同的缓冲液，都是常规试剂，配完之后用盐酸滴定一下 pH 就 ok 了。接下来按照说明书的步骤操作就可以了。但开始之前我们还需要看看 CoIP 的对照组怎么设置，如果没有对照，跑出来的条带也不知道是不是我们想要的结果啊。

这里隆重给大家推荐一个来自 NIH 的神器：Openi。貌似知道的同学还不多。这个网站可以直接搜索论文里的图片，比一篇篇去找文献方便多了。于是我们搜索「CoIP」，得到很多的结果，随便找几个看看就知道该如何设置对照了。

这样万事具备之后我们就开始吧，提蛋白，制作磁珠抗体复合物，然后 CoIP，SDS-PAGE，再 WB 检测，抗体孵育过夜。第二天结果出来了，效果很明显，原来蛋白 B 的抑制剂间接促进了蛋白 B 和蛋白 C 的结合，有了这样的结果，文章档次一下子就上去了。

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