公共基因数据助力课题设计，就是这么简单！

随着高通量检测技术的飞速发展，GEO、TCGA 等数据库中积累了大量基因数据，单看 GCBI 的统计结果，目前有 2 400 多万篇文献，120 多万份基因大数据，8 万多份肿瘤样本数据。在这些公共数据中，包含了高通量数据、文献资源、实验背景信息、病理信息和预后信息，在这些信息中蕴含大量的宝贵信息。

今天就和大家分享一下如何利用公共数据帮助课题设计及申请，发现更多研究思路。

这就涉及到了两个核心问题：怎样找到有价值的数据？怎么用这些数据？

先说如何找数据

以结直肠癌研究为例，登陆 GCBI 使用文献检索功能，通过设置「影响因子」、「发表日期（5 年）」、「含有样本数据的文献」和「与基因相关的文献」来检索相关文献，这样就可以快速定位目标样本数据。

也可以使用样本检索功能直接搜索相关疾病的样本：

结合每个项目的样本描述，怎么样？是不是分分钟搞定啦！因为比较关注结直肠癌肝转移，肺转移相关的相关基因，所以就锁定了这批样本（GSE4107）。

那么如何利用这批数据呢？

这么多样本难道要我先下载？GCBI 平台已经将 GEO 的数据进行了本地化，直接点击「发送样本到实验室」就可以了，完全不需要再去 GEO 数据库把这些样本一个一个下载下来。

接下来，就是根据这批样本的分组信息到实验室创建分析方案，（具体操作视频可至页面底部查看），一键点击执行就可以分析了。

分析完成后，就可以在线查看结果，按照目标基因的挑选思路挑选目标基因。

目标基因的基本挑选思路就是：首先寻找肝转移，肺转移，结直肠癌转移的差异基因，然后对这些差异进行功能和信号通路分析，通过信号网络找到了核心基因 PRKAC8，然后在差异结果中查到 PRKAC8 的差异倍数下调了 4.78 倍，参与的功能与通路均有与转移相关的证据。

再做好最后一步

收集相关的样本进行 PCR 初步验证、WB 验证。

如果结果都吻合的话，那么一个新的课题就设计好了：PRKAC8 在结直肠癌肝转移及肺转移中的调节机制研究。

当然设计这些课题之前要先去查查这类课题有没有其他的人已经申请或者发表文章，如果已有相关的研究，没关系啊，我们再重新挑选。

作者：GCBI

图片来源：GCBI