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科研锦鲤,你准备好了吗?

丁香园

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在实验间歇时,A 君和 B 君聊起了最近各地涌现的「幸运锦鲤」。

A:你说现在各个省份都弄幸运锦鲤,咱们科研民工怎么不弄个属于自己的锦鲤?

B:怎么弄?「被选中的锦鲤可获得:A 公司优异 Taq 酶免费 5 ml,B 公司强力 Taq 酶免费 5 ml,C 公司霸气 Taq 酶免费 5 ml,D 公司无敌 Taq 酶免费 5 ml,E 公司终极 Taq 酶免费 5 ml……」

A:算了算了,我要这么多酶干什么?咒自己实验做不出来?

△ 图源:站酷海洛

确实,和可以自由尝试的吃喝玩乐不同,科研人员的目的就是更快更准确的做完实验,完成课题,很多同类的试剂对我们来说没有意义。但是,从另一个角度来说,各个公司的产品终究有些性能的差别,选择最合适的试剂,能够让科研事半功倍。所以,如果真的被选为锦鲤,能够不受资(lao)金(ban)限制的自由选择试剂的话,还是很有希望尽快完成课题的。

不过,这一切的前提,还是要对试剂有充分的了解。当锦鲤也不容易,要做足准备才行呢!

△ 图源:站酷海洛

就从 AB 君说的 Taq 说起吧。PCR 是分子生物学实验基础中的基础,是每个科研人员都要接触的实验。PCR 的核心组分就是 DNA 聚合酶。很多实验者在 PCR 不顺利的时候都在尽力调整退火温度,或者多次设计引物,但是如果酶选择不合适的话,这些调整很难达到效果,反而花费了更多的时间和金钱。

除了 Taq,聚合酶的种类还有 Pfu 和其他高保真聚合酶。

选择聚合酶需要注意以下要点:

1. 热启动性

热启动就是说聚合酶具有封闭修饰,只有在 90 度以上才能够激活;而非热启动酶在常温下就能起始双链解链和核苷酸聚合。具有热启酶活性的酶具有更高的特异性,性能更好,价格也相对较高。目前市面上很多品牌都宣称自己的酶具有热启能力,但检测结果并非如此。如果大家需要使用热启动酶,建议向厂商索取的检测数据(如分子信标法检测,Ma et al., Anal Biochem, 2006),以证明其确实具有热启能力。

2. 保真性

保真性就是扩增过程中的错配率,对于 cDNA 克隆、文库构建的老师来说是尤为重要的参数。Taq 酶的保真性较低,而 Pfu、HiFi 等高保真酶具有 3’-5’ proofreading 功能,可以校正错配,保真度较高。保真性高于 Taq 酶 50 倍左右是比较常见的数值。我们也可以用 Lac I 分析的经典方法自己检测一下所用酶的保真性。

3. 灵敏度

灵敏度就代表着能从多低丰度的模板中扩增出我们的目的基因。需要注意的是,有些酶在宣传中提到灵敏度可达 pg-fg 级,但这种是用纯质粒或纯片段稀释之后进行的检测,为了宣传需要而只标注了检测下限。对于需要反转录 PCR 或在基因组中进行 PCR 的老师来说,这样的模板量是无法扩增出来的。建议大家与厂商确认该酶对于您使用的模板的灵敏度如何。

4. 普适性和抗逆性

不同物种中所含的杂质不同,核酸的 GC 含量也不相同,部分化学杂质、较高的 GC 含量和复杂的二级结构会影响 PCR 扩增。对于不常见的模板,建议购买前咨询对应酶在您的样本中的扩增能力是否有实验证据。

5. 扩增长度和速度

Taq 酶的扩增一般在 6-8 kb,高保真酶可以扩增到 10 kb 以上。对于需要长片段扩增的老师,可以向对应厂商索取实验例以证明酶的扩增长度。扩增速度一般在 10-30 秒 / kb,对于长片段扩增时间需相对延长。有的酶可以做到 5 秒 / kb 的延伸速度,但是对模板有严格要求,只有少数模板适用于此程序,需仔细判断。

6. 末端状态

Taq 酶会在扩增片段的 3‘末端加一个 A 碱基,而多数高保真酶扩增出来为平末端。如需后续克隆,需明确该酶扩增之后的产物末端状态。

总之,加深对酶工作原理的理解,根据自身课题和实验的要求,选择最合适的聚合酶,才能最大幅度的缩短实验调试的时间。

科研的锦鲤不能只靠运气,通过自身知识和经验的积累,有所准备才能事半功倍。

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