科研技术

可以上KEGG数据库进行查询，这个数据库是常用的通路上下游信号分子查询库

上游下游都是通过文献查阅的，很多通路都是交叉的，很难完全确定上下游的通路的。只能通过文献自己总结的。要大量阅读文献的。我都是这么过来的。

可以做个免疫共沉淀，看看上游因子是不是直接结合（作用）于下游因子的基因启动子区，开启下游表达。

查找目标受体的上下游效应分子和交叉信号通路,可以从以下几个方面入手:

1. 在PubMed、Google Scholar等数据库,用“(受体名称) signaling pathway”、“(受体名称) downstream”等关键词搜索文献,可以找到许多该受体信号通路的REVIEW文章,里面会涵盖主要的上下游分子信息。

2. 在KEGG、Reactome等pathway数据库中查询该受体的通路图,可以看到系统的上下游关系。这些数据库也包含不同通路之间的交叉节点信息。

3. 在String数据库中输入受体名称,可以预测其蛋白相互作用网络,发现其直接或间接的相互作用蛋白。这些很可能是下游效应分子。

4. 在Uniprot数据库中查找该受体的功能描述,也会有其下游靶点等信息。

5. 阅读该受体的最新研究文献Full text,作者常会总结其信号网络。

6. 可以利用Real-time PCR、Western blot等方法验证文献报道的上下游分子。

综合运用这些策略,可以比较全面地解析受体的上下游关系和不同受体信号通路之间的交互机制。也可以根据实验需要选择只研究部分关键分子。