想不到吧？OpenBUGS 除了做统计还能这样用......

我们大家都知道，OpenBUGS 是进行贝叶斯统计分析的得力工具，它不仅能做统计分析，详情请戳手把手教你用 OpenBUGS 做统计，还可以绘制疾病地图，下面告诉大家如何利用 OpenBUGS 绘制疾病地图。

需要准备的材料

1. 需要绘制的目标地区地图，一般从中国地理信息系统网站上可以下载到（.shp）格式的中国及各省份的地图。

2. 数据，需要目标地区各个行政区域上某种疾病的发病率或患病率，并能计算出疾病的期望发病或者期望死亡数据。

3. 需要在电脑客户端安装 OpenBUGS3.2.3 软件。

具体操作步骤

以西北五省（新疆、甘肃、青海、宁夏和陕西）某年腹泻患病率数据为例

1. 生成 GeoBUGS 格式的地图：目前分析用的地图普遍采用。shp 格式，而 GeoBUGS 只能识别自带的地图，因此将 .shp 格式的地图需要进行适当的转化才能应用到 GeoBUGS 中。可以通过 ArcInfo 或 R 软件来实现（具体方法可以在网上找到资源）。

如下图已经生成了 GeoBUGS 能够识别的 China. 西北五省地图如下图。

2. 生成空间邻接矩阵：在 OpenBUGS 窗口界面，点击「Map->Adjacency Tool」启动 Adjacency Tool 对话框，先在 map 标签中选择 China. 西北五省地图，点击 adj map 按钮以激活 adj matrix 按钮和 show region 按钮，然后点击 adj matrix 按钮生成邻接矩阵（注意生成的矩阵在第 3 步的数据加载中将会用到），如下图。

3. 进行模型指定，数据加载，迭代：具体过程参见（手把手教你用 OpenBUGS 做统计）该实例的模型如下：

4. 生成疾病地图：打开 Map Tool 对话框，如下图所示：

① 在 Map 标签的下拉菜单中选择中国地图；

② 在 Variable 标签的空白框中输入腹泻疾病患病相对危险度 RR（在第 3 步中通过 Gibbs 抽样获得）；

③ 根据 Variable 中变量的类型，在 Quantity 下拉菜单中选择相应的值。如果变量是 data 类型（例如 SMR、期望值 E 或者协变量），则选择 Value；如果变量是 stochastic quantity 类型（如相对危险度 RR），我们可以选择 Quanntity 菜单中的任意一个；

5. 设置分割点：目的是将患病不同风险的地区用不同的颜色区分开。在 GeoBUGS 中有两种地图分割点，分别为绝对值分割点（abs value）和百分位数分割点（percentile），GeoBUGS 也允许用户自定义切割点的值。本例中笔者自定义分割点，按照腹泻在各个省份的患病相对危险度。值得注意的是，设置的切割点不同，显示的地图也不同。

6. 设置颜色：在 Palette 下拉菜单来编辑地图的颜色，也可以单击地图上注释的小方块来改变颜色。

7. 点击 plot 按钮去生成地图。如下图所示：

8. 如果改变了地图的颜色、切割点等 （比如我们改变切割点的值，则绘制的地图如下），我们可以通过 set cuts 按钮去更新目前选择的地图，也可以通过 plot 按钮去生成一个新的地图。

9. 地图的输出和保存：通过 GeoBUGS 工具生成的疾病地图，通过「File<-Save As」将其保存为 OpenBUGS能直接调用的 .odc 格式， 以便我们重新编辑地图的切割点和地图颜色。

至此，一个完整的基于贝叶斯分析工具 OpenBUGS 在疾病制图方面的应用介绍完毕。