LncRNA 亚细胞定位，这个网站就够了
丁香园
「亚细胞定位」已是高水平期刊对 lncRNA 研究的基本要求。一提到 lncRNA 定位，马上想到 FISH 的小伙伴肯定是学霸。
今天推荐一个检索 LncRNA 亚细胞定位信息的专门网站。不卖关子，直接上链接，lncATLAS：http://lncatlas.crg.eu/。目前该网站已收集了经 GENCODE 注释的 6 700 余种 lncRNA，涵盖在人体 15 种细胞系中的定位信息。
网站搜索很简单，刚一接触这个网站时，发现返回的图形化结果不好懂。我就 email 网站开发者，表达诉求「直截了当地告诉小伙伴们，某某 lncRNA 的亚细胞表达定位情况不就行了吗」？但 lncATLAS 偏不这样做，而是提供最科学的分析数据和可发表的图形化结果。检索结果分三个层面展示：
S1：所关注 lncRNA 在 15 株细胞系中的亚细胞定位情况；
S2：综合了所有 lncRNA 及 mRNA 信息的亚细胞定位情况；
S3：更加精细的核或浆的次级组分（compartments）定位情况。
下面以 MALAT1 为例，一步一步为您解读。如有不当的地方，欢迎留言指正。
01 搜索
网站界面简洁，没有复杂的限定条件。采用 official GENCODE gene name 或 ENSEMBL gene ID 输入相应的搜索框。Add reference gene 选项可忽略，因为结果价值不大。在 lncATLAS，lncRNA 也被称为 gene。点击 「GO」。
02 结果解读
S1：MALAT1 的亚细胞定位情况（所有细胞株）。
该网站的一个特色就是发明了一个指标，表征亚细胞定位的准确性和可信性。RCI，Relative Concentration Index，依据 ensemble 收录的各细胞组分中 RNAseq 数据计算而得。反映 lncRNA 定位在细胞组分 A 相对于在组分 B 中的富集程度。
以 CN RCI 为例，C 表示胞浆 Cytoplasmic，N 表示胞核 Nuclear，正值表示定位于胞浆，负值表示定位于核内，绝对值越大定位强度越大。如 Plot1 所示，MALAT1 在胞浆和胞核中均有表达，但更多地定位在胞核中（丰度更高）。
S2：呈现的是综合了所有 lncRNA 及 mRNA 信息的亚细胞定位情况。
S2 部分包含 3 个数据图——Plot 2，3，4。分别从所有细胞、单个细胞，连续分布直方图、表达比较的密度图等角度展示所关注 lncRNA 的亚细胞定位情况。引入全体 lncRNA 和 mRNA 的亚细胞定位情况是 lncATLAS 的特色。体现了在 RCI 算法下，包括所关注 lncRNA 在内的所有的 lncRNA 和 mRNA 的亚细胞定位情况。从另一角度看，是在炫耀其背后强大的数据支持（基于 ensemble 数据库的 RNAseq 数据）。
Plot 2 在所有细胞中以 RCI 分布所表征的亚细胞定位情况（注：为在有限的手机界面上清晰呈现图片内容，plot 2 中只截取 3 个细胞系的数据）。
Plot 3 以连续直方分布图的形式，呈现在特定细胞系（GM12878）中，所关注 lncRNA 的亚细胞定位情况。有 15 个细胞系可选，当然，如果所选的细胞系没有相应数据，就不会呈现 Plot3。
Plot 4 以密度图的形式，呈现在特定细胞系（GM12878）中，所关注 lncRNA 的亚细胞定位情况。通过向纵、横坐标轴划线，确定 MALAT1 在坐标轴中的位置，可以方便我们理解 MALAT1 的定位情况和表达丰度。
S3：所关注 lncRNA 在核、浆次级组分水平的定位情况。
Plot5 以 K562 细胞系为模型，展现了 MALAT1 在核、浆次级组分水平的定位情况，如 Insoluble fraction，Cell membrane，Chromatin，Nucleoplasm 和 Nucleolus。不清楚各次级细胞组分位置的小伙伴请看题图。（图 6. S3-Plot5）
在这里你可能会问，从前面的数据得知 MALAT1 是定位在核里的呀，怎么这里又说也定位在 Insoluble fraction，Cell membrane 呢？你的怀疑没有错，lncATLAS 也没有错。因为细胞各组分的测序数据中都有 MALAT1 的序列，MALAT1 更多的表达在核里而已。
小伙伴们，总结一下 lncATLAS 的特征：发明了 RCI 值，定量亚细胞定位的可信度，同时参考表达丰度，以可发表的数据图的形式表现 lncRNA 亚细胞定位信息。
因为不同的细胞，lncRNA 的亚细胞定位不一样，想快速确定 lncRNA 的定位，FISH 定位需要有严格的技术要求，那么胞浆胞核分离确定定位情况将是不错的选择，下方的胞浆/胞核分离试剂盒值得一试，扫描二维码或点击阅读原文可查看详情解说。
