丁香实验_LOGO
登录
提问
我要登录
|免费注册
点赞
收藏
wx-share
分享

circRNA 研究有哪些数据库?

丁香园

5121

circRNA 的数据库还是很多的,以下几个可供参考:

1. circBase

网站链接:http://www.circbase.org

circBase 收集包括以下 6 个物种的 circRNA 信息:人 (hg19)、小鼠 (mm9) 、秀丽线虫 (ce6)、黑腹果蝇 (dm3)、矛尾鱼 (latCha1)、腔棘鱼 (latCha1)。该数据库是目前相对收录信息比较全和完整的,数据也能下载,非常实用。

2. Circ2Traits

网站链接:http://gyanxet-beta.com/circdb/

Circ2Traits 收集可能与疾病和性状相关环状 RNA 的综合数据库,该数据库通过预测 miRNAs 和人类的蛋白质编码基因、长链非编码基因及环状 RNA 间的相互作用关系,构建了相互作用网络, 并对 miRNAs-circRNA 相互作用组中的蛋白编码基因进行了GO富集分析;此外,将与疾病相关的 SNPs 位点定位到 circRNA 基因座上,并鉴定了环状 RNAs 上的 Ago 相互作用位点。

3. circNet

网站链接:https://omictools.com/circnet-tool

利用 464 个 RNA-seq 测序数据,进行新 circRNA 预测及基因组注释,并计算已知的及新预测的 circRNA 表达情况,构建 circRNA-miRNA-genet 调控网络,以上信息均可从该数据库获得。物种为人。

4.deepBase v2.0

网站链接:

http://www.rna-seqblog.com/deepbase-v2 - 0 -identification-expression-evolution-and-function-of-small-rnas-lncrnas-and-circular-rnas-from-deep-sequencing-data/

deepBase v2.0 收集了大约 15 万多的 circRNA 基因(人、鼠、果蝇、线虫等)。

5. CircInteractome

网站链接:https://omictools.com/circinteractome-tool

该数据库预测了已知的 109 个 RNA 结合蛋白数据集与 circbase 中的 circRNA 的结合位点,并利用 Targetscan 软件预测了 miRNAs 与 circRNA 的潜在结合位点。

6、circRNADb

网站链接:http://reprod.njmu.edu.cn/circrnadb

首个汇总可编码蛋白的环状 RNA 数据库,共收集了 32914 条人类外显子环状 RNA 记录,每条记录都包括基因组位置信息,RNA 编辑情况,所对应的基因组序列,IRES 序列元件,预测的 ORF 以及相关的参考文献。作者发现了有 16328 条环状 RNA 包含了编码超过 100 个氨基酸的 ORF,其中 7170 种环状 RNA 存在 IRES 序列元件,基本符合翻译蛋白的特征。

提问
扫一扫
丁香实验小程序二维码
实验小助手
丁香实验公众号二维码
扫码领资料
反馈
TOP
打开小程序