circRNA 研究有哪些数据库？

circRNA 的数据库还是很多的，以下几个可供参考：

1. circBase

网站链接：http://www.circbase.org

circBase 收集包括以下 6 个物种的 circRNA 信息：人 (hg19)、小鼠 (mm9) 、秀丽线虫 (ce6)、黑腹果蝇 (dm3)、矛尾鱼 (latCha1)、腔棘鱼 (latCha1)。该数据库是目前相对收录信息比较全和完整的，数据也能下载，非常实用。

2. Circ2Traits

网站链接：http://gyanxet-beta.com/circdb/

Circ2Traits 收集可能与疾病和性状相关环状 RNA 的综合数据库，该数据库通过预测 miRNAs 和人类的蛋白质编码基因、长链非编码基因及环状 RNA 间的相互作用关系，构建了相互作用网络,　并对 miRNAs-circRNA 相互作用组中的蛋白编码基因进行了ＧＯ富集分析；此外，将与疾病相关的 SNPs 位点定位到 circRNA 基因座上，并鉴定了环状 RNAs 上的 Ago 相互作用位点。

3. circNet

网站链接：https://omictools.com/circnet-tool

利用 464 个 RNA-seq 测序数据，进行新 circRNA 预测及基因组注释，并计算已知的及新预测的 circRNA 表达情况，构建 circRNA-miRNA-genet 调控网络，以上信息均可从该数据库获得。物种为人。

4.deepBase v2.0

网站链接：

http://www.rna-seqblog.com/deepbase-v2 - 0 -identification-expression-evolution-and-function-of-small-rnas-lncrnas-and-circular-rnas-from-deep-sequencing-data/

deepBase v2.0 收集了大约 15 万多的 circRNA 基因（人、鼠、果蝇、线虫等）。

5. CircInteractome

网站链接：https://omictools.com/circinteractome-tool

该数据库预测了已知的 109 个 RNA 结合蛋白数据集与 circbase 中的 circRNA 的结合位点，并利用 Targetscan 软件预测了 miRNAs 与 circRNA 的潜在结合位点。

6、circRNADb

网站链接：http://reprod.njmu.edu.cn/circrnadb

首个汇总可编码蛋白的环状 RNA 数据库，共收集了 32914 条人类外显子环状 RNA 记录，每条记录都包括基因组位置信息，RNA 编辑情况，所对应的基因组序列，IRES 序列元件，预测的 ORF 以及相关的参考文献。作者发现了有 16328 条环状 RNA 包含了编码超过 100 个氨基酸的 ORF，其中 7170 种环状 RNA 存在 IRES 序列元件，基本符合翻译蛋白的特征。

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