CircInteractome - 一个好用的 circRNA 研究数据库！

今天给大家安利一个好用的数据库：CircInteractome（Cirular RNA interactome）

可以说功能很强大了，下面我们来看看它有哪些功能吧。

一、搜索 circRNA 的名字、序列、在基因组上的位置及结合的蛋白

首先是 circRNA 的搜索：

我们可以根据 circRNA 或者基因名进行搜索，比如以基因 Cul2 为例，在 Gene Symbol 后面的对话框中输入 Cul2，然后单击 circRNA Search：

在新页面中就出现了这个基因来源的各个 circRNA，基因组的位置、长度及在什么样本中表达，单击 XLS 图标还可以下载：

我们单击第一个 hsa_circ_0000234 后可以看到更加详细的信息：

通过单击 location 可以在 UCSC 中查看位置：

通过单击 Mature Seq 可以看到 circRNA 的序列：

我们也可以看到预测到的与 hsa_circ_0000234 结合的 RNA 结合蛋白是 EIF4A3。

当然，如果要反过来操作，根据 RNA 结合蛋白（RBP）来预测与之结合的 circRNA:

在右侧的界面中，我们可以输入 RBP 或者 circRNA 的名字，比如 RBP 我们用 HNRNPC，在输出 output type 里面可以选择 excel file download 也可以选择 web：

这样可以看到预测到的与 HNRNPC 结合的 circRNA：

二、搜索 circRNA 结合的 miRNA

在右侧输入框中输入 hsa_circ_0000234，然后单击 miRNA target search，就可以看到预测到的 miRNA 了：

三、设计 circRNA 的引物及 siRNA 序列

单击左侧的 Divergent Primers：

输入 circRNA 的名字后单击 Divergent Primers Search：

siRNA 的设计：

输入名字后单击 siRNA search：

好，数据库就介绍到这里啦~