如何定义细胞亚群？CellMarker 一键助你找细胞标记物！

单细胞组学技术的日渐成熟以及其独特的优势，使得其成为研究生物学问题的有利工具。其中，单细胞转录组测序所占比例更高，其在揭示细胞异质性、鉴定新的细胞亚群等方面的优势愈加明显。

在进行单细胞转录组数据分析时，非常关键的一步是根据细胞的特征性基因和特征性生物学功能去定义每一个细胞亚群。

但是，有些时候，我们并不能记住所有细胞的特征性基因；另外，即使我们通过差异分析鉴定出某个亚群的特征性基因，我们也无法确定这些基因可以定义哪种类型的细胞。

面对这样的难题，我们常常想着是否有一种数据库，在这个数据库中，我们可以查看所有细胞类型的标志性基因；另外，当我们输入一个基因时，这个数据库就可以告诉我们该基因属于哪种组织、哪种细胞。

今天，小编就向大家介绍一个非常友好的工具和数据库「CellMarker」

数据库的交互网站首页长这样：

研究人员通过对 10 万余篇已发表论文的手工整理，共收录细胞标记信息、组织类型、细胞类型、肿瘤信息、来源等 4124 条。最后，在 158 个人类组织中收集 467 种细胞类型的 13605 个细胞标记物，在 81 个小鼠组织中收集 389 种细胞类型的 9148 个细胞标记物。

1、「Quick Search」功能

通过 Quick Search 对话框，我们可以输入细胞类型、细胞 marker 或者组织，点击搜索之后就会看到该细胞类型的所有 marker 信息。

以红细胞为例，当我们输入「Erythrocyte」，按下 Enter 键之后会出现下面的界面，其中的 Cell Marker 一栏显示的相关的红细胞相关的基因。

除此之外，我们还可以得到该 marker 是属于人源还是鼠源，样本来自何种组织类型，最后一栏有「more details」的超链接，点击之后，我们会看到更加详细的信息（下图），包括该 marker 的文章来源、研究类型等信息。

2、「Browse」功能

通过 Browse 按钮，首先，我们可以看到在每个组织中 cell marker 的数量，另外，我们还可以看到左边四种分类方式：Human/Mouse/Cell/Single-cell RNA sequencing。

点开 Human，我们可以看到不同的组织类型的信息，如果点击 Bone marrow，就会出现下图右边的界面，这些均为人源骨髓来源的各种细胞类型的 Cell Markers。在 Source 这一栏，共有 4 种信息来源，点击 Excel 或者 CSV 可以下载该列表。

3、「search」功能

与文章开头介绍的 Quick Search 对话框不同，点击 Search 按钮，会出现下面的界面，左半部分为「Cell search」，在该部分，可以通过选择组织类型和细胞类型，搜索相应的 cell markers；而右半部分为「Marker search」，该部分是通过给定的 cell markers，寻找其特征性表达在何种组织和细胞。

比如，我们选择 Blood vessel 中的 Endothelial cell，点击 Submit 之后，就会出现下面的页面，左边为 cell markers 的可视化界面，字号的大小代表其特异性程度；右半边为量化的支持信息，可以看出 CD31 排名第一，共有 17 项研究支持该结论。

同理，当我们在「Marker search」中输入 CD31， Submit 之后，会看到 CD31 在哪种组织或者何种细胞中特异性高表达。通过结果，我们可以看出其在 Endothelial cell 中高表达，并且在 Blood vessel 中的 Endothelial cell 表达最特异。

4、「Submit」功能

当然，除了正常使用该数据库之外，你也可以贡献自己的力量。在「Submit」页面，你可以提交自己的研究结果，即鉴定出何种组织、何种细胞的哪些特征性 cell markers。

最后，在「Download」页面，你可以下载包含在该数据库中的所有 cell markers。

看到这里，是不是觉得收获满满？那下次再去定义细胞类型的时候，会不会轻松很多啊？

数据库的网站：http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/