穷人的劳斯莱斯—五年 western blot 体会
生物学霸
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Western Blot 操作步骤多,每一步的失误都会造成全盘失败。
抗体的选择
对于国内的大多数实验室来讲,做 western blot 实验,选择抗体是个头疼的问题。原因很简单,买进口抗体捉襟见肘,买国产抗体得需要大无畏的勇气,对于我所在的兰州地区的实验者而言,感触尤深。在这五年的 western blot 实验历程里,我先后用过进口抗体,进口抗体国内分装包装,国产抗体,质量良莠不齐。
进口抗体一般不会出现闪失:abcam 品种全,质量过硬,但价高(3400 元/100 微升),而且说是 100 微升,但至多能吸出来 90 微升;Sigma 的价最贵;比较有性价比的是 CST 的抗体,现在好像是 2200 元/100 微升,我前后用过二十几种, 1:1000 的稀释比下,还没有失过手,100 微升通常能完成所有的免疫组化和 western blot 实验,还有一个优点是通常量比 100 微升多出来 10 微升,唯一的不足是 CST 的品种实在不多。Santa 的多克隆抗体质量可以,但是选用 Santa 的单抗还是有风险,估计这也是业界共识了吧。
进口抗体国内分装包装我也用过不少,呵呵,毕竟是穷人(420 元/100 微升),大概好抗体的比例约为 50%,如果能做出来,也存在一个问题,就是抗体大多只能用一次。我曾经把 Santa 的原装抗体和分装抗体做过比对(抗体品种,货号等完全一致),在都能做出来的前提下,原装抗体能重复使用的次数要多出许多。具体原因我已经揣测了好几年,不敢说出来,我一直在想是不是冬天西瓜切成片和整个卖,也会有所不同。揣测归揣测,假如只为了发论文毕业走人,可以考虑选用进口分装的多克隆抗体。
国产抗体比较知名的就几家,但质量确实不敢恭维。western blot 能做出来的确实不多,而且杂带多,背景不干净。我们周边的实验室大多买国产抗体做免疫组化,怎么说呢,应付硕士论文够了。
我也帮别人自制过抗体,再用抗原亲和纯化。效价非常不错,夸张的时候 1:10000 都能做出条带,唯一的麻烦是兔子太骚(骚臭),不知道这是不是「兔女郎」名号的来由。如果读书非常悠闲,老板又特别想拥有手工作坊的情况下,可以自己伺候折腾兔子来玩玩,刚开始的时候还是蛮有成就感的。只是单凭抗原表达和制备多抗,是不是可以写成论文毕业,估计因校而异了。
Western Blot 设备
目前最好的垂直槽和转移槽还是 Biorad(伯乐),尤其是 MINI3 好用,MINI4 可以一次跑四块胶,但通常用不上,由此造成垂直缓冲液的浪费,而且 MINI4 用绿色塑料夹住玻璃板来组成内槽,容易漏液,塑料夹应该是有疲劳寿命的,估计日子一长,弹性就会改变,所以如果你们实验室刚买了 MINI4,赶紧用,遭殃的肯定是某一级的师弟师妹们。
Biorad 的一套系统得两万多,西部能玩得起伯乐的还真不多。好在咱中国人聪明,上海天能的外观和构造和伯乐的 MINI3 几乎一模一样,而且可以通用,不带电泳仪是 5 千多一套,挺好用的。唯一的不足是塑料寿命不如伯乐,胶架容易断裂。不过仔细算算,三套天能也就是一套伯乐的价格,值了。北京六一的垂直槽和转移槽很好用,但垂直槽配胶不方便,玻板太厚,散热不好,但能用,六一的电泳仪(电源)还是很好用的。
Western Blot 实验条件
Western Blot 实验条件我是按 Abcam 公司经典教材做的,按以下的网址下载(http://www.abcam.com/ps/pdf/protocols/WB-beginner.pdf)。具体的试剂配方我是按宝生物试剂册的附录部分配制。丙烯酰胺和甲醛我是从北京华美买的德国 biomol 原装货,配出来的胶可以提在手里玩,弹性非常好,价格比 sigma 的便宜许多,1 公斤好像是 480 多人民币,够实验室用好长时间,现在我们实验室做双向电泳都用 biomol 的胶,很好用。Marker 我现在用 fermantas 的 SM1811,2 微升就很清晰了,兰州的代理是上海生工。
要强调的是垂直电泳缓冲液千万不能回收用,具体愿因你只需上网查查 SDS-PAGE 的原理就知道了。转移电泳缓冲液可以回收再用两次。
转膜我通常是快转两百 200 毫安/2 小时,慢转 80 毫安/12 小时。快转是一定得做冰水浴,就是把槽子泡在冰水混合液里。封闭我通常用 BD 的脱脂奶粉,不贵,260 元 500 克,也是从北京华美买的。
ECL 我用 pierce 的,500 毫升 1650 元,比国产的还便宜好用。胶片是柯达的,以前用过乐凯的,不如柯达。我很少用丽春红或考马斯染膜或染胶。
Western Blot 实验关键
抗体是决定成败的关键,如果抗体很滥,就是神仙也没招。其中内参抗体很重要,因为内参抗体的选择关系到全盘实验的考评。Actin,Tubulin,GAPDH 我都用过,Actin,Tubulin 的缺点是有时候会出现复带,比较稳定的还是 GAPDH。如果用心看看 cell,nature,science 上的文章,大多用 GAPDH 做内参。进口的,国内分装的,国产的,我都用过。进口的最强的 1:10000 都能做出条带(Upstate,现在被 Minipore 招安了),国内分装的也好用,但就是不好回收重复使用,国产的一般只能用一次。
我要特别强调的是,实验室里最贵的抗体实际上是内参抗体,因为只要 Western Blot 开工,每次都得用内参抗体,而一般目的蛋白的抗体也就用几次,重复三次就了事。但内参抗体是不折不扣的耗材,严格意义上讲,每跑一次胶,就得杂一次内参,使用频率最高决定了内参是最花钱的抗体。我也自己制备过内参抗体,但好像因为种属同源性太高,背景总是不干净。进口的好,太贵;国产的只能使用一次,年终算账,不比进口的便宜。
本文作者:seagate,丁香园站友
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